苏州网站开发建设方案,中国重庆网站建设,北京国贸网站建设,广告公司名字怎么取之前从ADNI上下载PET数据的时候发现有许多数据的格式不是DICOM的而是ECAT或者是HRRT格式#xff0c;这对原本就少的PET数据是血上加霜啊。
当然只使用DICOM格式的数据也会得到不少的数据#xff0c;我一开始也是只使用DICOM格式的样本#xff0c;后来为了得到更多的数据这对原本就少的PET数据是血上加霜啊。
当然只使用DICOM格式的数据也会得到不少的数据我一开始也是只使用DICOM格式的样本后来为了得到更多的数据自己研究了如何将这两种格式的PET数据转成nii格式。防止以后需要用到的时候忘记故写此博客。
1 简单介绍一下ECAT和HRRT格式
这两种格式都用于存储 PET 图像数据但它们在一些方面有所不同。
a) ECAT 格式:
ECAT (EmotionCore Annotation Tool) 格式是一种广泛使用的 PET 数据格式它是一种标准化的格式通常用于存储 PET 成像数据。
ECAT 格式具有良好的可移植性和广泛的支持因此在许多 PET 成像研究和应用中得到了广泛使用。
ECAT 格式的文件通常包含有关扫描参数、图像信息以及可能的附加数据例如扫描时间、注射剂量等。
它是一种比较通用的格式可以轻松地在不同的 PET 成像软件和工具之间进行交换和处理。b)HRRT 格式:
HRRT (High-Resolution Research Tomograph) 格式是一种针对特定类型的 PET 仪器设计的格式。
HRRT 是一种高分辨率 PET 成像系统专门用于进行高分辨率的 PET 成像研究特别是用于神经科学和脑成像研究。
HRRT 格式通常包含有关高分辨率 PET 图像的详细信息例如空间分辨率、灵敏度和动态范围等。
对于特定类型的研究尤其是需要高分辨率成像的神经科学研究HRRT 格式提供了更详细和准确的成像数据。
(以上内容生成与chatgpt3.5仅供参考2 ECAT转nii
使用工具Matlab、SPM12 1、首先在Matlab中安装SPM12 2、在命令行中输入spm打开spm 3、在弹出的窗口中选择PET按钮点击 4、点击Batch 5、安装下图步骤打开ECAT Import 6、选择原文件转格式 原文件如下是一个.v的文件 运行完成后会得到几个nii文件选择一个即可生成文件会存放到Matlab的工作路径记得切换一下路径不然会默认生成到Matlab的bin路径下
3、HRRT转nii
HRRT转nii就需要用到另外一个工具了就是Debabeler我是从The First Step for Neuroimaging Data Analysis: DICOM to NIfTI conversion这篇文章中了解到这个工具的这篇文章很详细的介绍了各种格式的转换方法。 1、下载Debabeler官网下载 2、原文件如下有多个文件直接打开是打开不了的 3、点击run.bat文件打开Debabeler打开之后会弹出窗口让我们选择xml文件这个就是你需要进行哪种转换就选择哪个xml文件可以看到这个工具可以进行许许多多的格式转换包括ECAT转nii这里我们选择HrrtInterfileToNifti_22Nov2006.xml也就是HRRT转nii点击打开。 4、输入原文件 选择完成后点击下面红色框按钮即可 转换完成后会在原文件路径下生成一个nii文件这个就是我们想要的 DICOM转nii格式我也有写过文章详见【医学影像处理】基于MRIcron的dcm2nii批量dcm转nii格式 另外关于PET预处理的我也写过详见【医学图像处理】超详细PET图像批量预处理
