网站规划可以分成哪几步,上海营销型网站制作,做3d打印网站,wordpress带颜色的文字在上文 [生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline的图形化] 讨论了生信分析pipeline的图形化#xff0c;如何用图形的方式显示生信pipeline#xff0c;但是pipeline脚本按照变量的形式保存之后#xff0c;如何运行#xff0c;在什么环境下运行#xff1f;是本文要解决…在上文 [生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析pipeline的图形化] 讨论了生信分析pipeline的图形化如何用图形的方式显示生信pipeline但是pipeline脚本按照变量的形式保存之后如何运行在什么环境下运行是本文要解决的问题。运行方式本地 VS 远程1. 本地模式优势容易实现运行效率高不依赖网络劣势限制了软件的适用范围本机性能就决定了分析性能不易扩展限于运算量较低的业务。2. 远程模式优势便于扩展部署方便。本程序作为控制端可以和分析端部署在一台机器也可以通过联网方式连接。这样就可以把控制端单独部署控制一个服务器集合从单台到简单的集群劣势增加了编程复杂度需要编程实现与服务器端的交互并保持长连接时刻保持通信。分析过程状态、服务器运行状态需要由服务器端推送到用户端。综合考虑结合软件设计目标这里选择远程模式运行服务器节点服务器节点信息经常手动分析脚本的朋友大家的习惯可能是ssh远程登录Linux服务器在shell控制台输入各种脚本软件。这里首先要解决的就是服务器信息的保存操作。根据日常习惯归纳实现后上图首先这里实现了服务器账户信息的管理账户、主机名、端口、密钥、密码这些信息为了保证安全需要二次加密不能将密码明文保存在数据库中一旦泄漏危害巨大针对分析流程按照约定定义了两个变量${data}数据输入目录${result}输出目录考虑到并行运算这里设置了该账户可以并行运行的任务数量已经连续运行任务的最小时间间隔。前文中针对pipeline里的变量每个服务器账户对应一组变量彼此独立互相隔离。针对服务器状态提供状态按钮来验证是否符合要求。网络状态、变量值是否符合要求Web终端应急操作可以点击终端按钮直接打开shell手动操作见下图:运行的方式之前系统设计时所做的准备通过图形化设计之后获得的pipeline脚本对应于服务器账户信息中的变量录入系统的样本信息样本编号${sn} Run ID ${id}等等通过将保存的shell脚本将脚本变量用以上信息替换为实际需要运行的脚本通过远程连接发送指令在服务器上运行运行的过程状态监控结果的判断发送完脚本服务器端运行状态需要和控制端保持连接监控运行状态获取运行输出。运行完成后服务器端推送信息到控制端判断是否符合要求输出文件是否存在运行失败后服务器端推送信息到控制端显示错误信息错误日志便于生信开发人员查找错误统计每一个分析步骤的运行时间便于统计分析运行的结果如果需要获取分析结果文件的这时候需要将该文件下载至本系统指定目录中。如果需要将分析结果vcfcsv等格式文件保存于数据库按照前文中pipeline图形化中设计格式读取文件保存于系统数据库中。收集标准化的数据累积数据为以后数据挖掘回归分析做好准备
