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相信大家在用conda的时候都遇到过各种各样的问题吧#xff0c;比如创建环境非常缓慢、安装软件并解析依赖的速度非常感人等#xff0c;有时候等待半小时甚至更久最… 目录 前言下载方式安装命令使用方式及小技巧一些常用的命令安装软件小技巧一些关于conda环境的建议 最后 前言
相信大家在用conda的时候都遇到过各种各样的问题吧比如创建环境非常缓慢、安装软件并解析依赖的速度非常感人等有时候等待半小时甚至更久最后还不一定能安装成功。
除此之外conda本身包含的软件比较多文件数目和空间占用较大即使是miniconda也存在同样的问题。
为了解决这些问题Wolf Vollprecht开发了mamba其推出mamba的bloghttps://medium.com/QuantStack/open-software-packaging-for-science-61cecee7fc23并将其称为conda的”drop-in replacement”浅浅翻译为即时替代产品或者普适性替代产品总之就是用来替换conda的各方面都比conda要好。
下载方式
安装mamba的方式见https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation/mamba-installation.html
该教程推荐安装miniforge3因为miniforge3包含了conda和mamba并且使用conda-forge作为默认channel。
miniforge的官网https://github.com/conda-forge/miniforge
点击该网站往下滑找到Download并选择适合自己操作系统的链接
比如我的系统是x86那么就下载x86对应的那个脚本下载命令如下
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh注意由于该软件是存放在github上的可能需要使用魔法才可以下载。
下载完成以后就准备安装
安装命令
安装命令很简单和conda类似直接通过bash运行刚刚下载的脚步即可
bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh接下来会出现一些信息说明安装的步骤通常来说只需要一直按回车即可这样该软件就会安装到用户的主目录home下面。
下面是详细的安装记录 在这一步直接按回车 在这一步输入yes 这一步不需要修改它会将miniforge安装到主目录下如果想安装到别的目录则需要输入目录全称 最后输入Yes来激活conda环境。
使用方式及小技巧
安装完miniforge3退出当前shell再打开一个新的shell这一步的目的是激活miniforge3然后输入conda或mamba就会出现它们的帮助文档如下
$ conda
usage: conda [-h] [-v] [--no-plugins] [-V] COMMAND ...conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.options:-h, --help Show this help message and exit.-v, --verbose Can be used multiple times. Once for detailed output, twice for INFO logging, thrice for DEBUG logging, four times for TRACE logging.--no-plugins Disable all plugins that are not built into conda.-V, --version Show the conda version number and exit.commands:The following built-in and plugins subcommands are available.COMMANDactivate Activate a conda environment.clean Remove unused packages and caches.compare Compare packages between conda environments.config Modify configuration values in .condarc.create Create a new conda environment from a list of specified packages.deactivate Deactivate the current active conda environment.doctor Display a health report for your environment.export Export a given environmentinfo Display information about current conda install.init Initialize conda for shell interaction.install Install a list of packages into a specified conda environment.list List installed packages in a conda environment.notices Retrieve latest channel notifications.package Create low-level conda packages. (EXPERIMENTAL)remove (uninstall)Remove a list of packages from a specified conda environment.rename Rename an existing environment.repoquery Advanced search for repodata.run Run an executable in a conda environment.search Search for packages and display associated information using the MatchSpec format.update (upgrade) Update conda packages to the latest compatible version.$ mamba
usage: mamba [-h] [-v] [--no-plugins] [-V] COMMAND ...conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.options:-h, --help Show this help message and exit.-v, --verbose Can be used multiple times. Once for detailed output, twice for INFO logging, thrice for DEBUG logging, four times for TRACE logging.--no-plugins Disable all plugins that are not built into conda.-V, --version Show the conda version number and exit.commands:The following built-in and plugins subcommands are available.COMMANDactivate Activate a conda environment.clean Remove unused packages and caches.compare Compare packages between conda environments.config Modify configuration values in .condarc.create Create a new conda environment from a list of specified packages.deactivate Deactivate the current active conda environment.doctor Display a health report for your environment.export Export a given environmentinfo Display information about current conda install.init Initialize conda for shell interaction.install Install a list of packages into a specified conda environment.list List installed packages in a conda environment.notices Retrieve latest channel notifications.package Create low-level conda packages. (EXPERIMENTAL)remove (uninstall)Remove a list of packages from a specified conda environment.rename Rename an existing environment.repoquery Advanced search for repodata.repoquery Query repositories using mamba.run Run an executable in a conda environment.search Search for packages and display associated information using the MatchSpec format.update (upgrade) Update conda packages to the latest compatible version.一些常用的命令
查看所有的环境mamba info -e创建新环境mamba create -n env-name 其中env-name是新的环境名激活环境mamba activate env-name 其中env-name是新的环境名安装软件这里以安装R为例命令为mamba install conda-forge::r-base 即后面接对应的软件名即可
安装软件小技巧
想要知道某个软件是否可以用conda安装可以在搜索引擎搜索”软件名 conda”然后点击Anaconda.org网站的那个结果进去以后就会显示安装该软件的命令。
比如我想安装R那么去Bing搜索结果如下
通常来说第一个结果就是Anaconda的官网点击进去以后可以发现安装命令有很多
选择第一条即可并将conda换成mamba。
如果搜索软件名conda时搜不到Anaconda官网的结果则说明Anaconda官网并未收录该软件那么则无法通过conda或mamba安装。
一些关于conda环境的建议
生信分析通常需要用到很多软件也会有很多流程比如RNA-seq、ChIP-seq、GWAS、variant calling等流程那么大部分情况下都需要建立多个conda环境因为不同流程用到的软件可能并不兼容。
如果每个流程都建立一个单独的环境的话就会面临一个问题即不同的流程用到了相同的软件这样许多流程中的软件就会存在冗余而每个环境所占的空间以及文件数目会很多文件数目在几万左右从而导致性能下降或者服务器存储告急。
因为建议严格控制conda环境的数目并且不要根据流程建立环境而是根据软件名或编程语言名称来建立。
举例来说生信分析大多数都需要用到R语言和python语言那么就可以建立一个R环境并加上版本号例如r4.3该环境仅安装r 4.3版本以及相应的R包用到python包时可以建立一个py3.10环境其中安装3.10版本的python有些软件可能依赖python 2.7那么可以建立一个py2.7环境。
这样做的好处是可以保证软件之间的独立性并且会最大程度降低软件的冗余。
下面是我目前的环境
$ mamba info -emamba version : 1.5.8
# conda environments:
#
base /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3
gcc /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/gcc
py2.7 /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/py2.7
py3.10 /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/py3.10
r4.3 /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/r4.3其中gcc环境是因为有些C软件安装时需要高版本的gcc而服务器自带的gcc版本较低便单独建立了gcc环境。
有的流程可能既需要用python又需要用R那么可以在不同的环境之间切换只需要将该环境的bin路径加入到环境变量PATH中即可。
当我需要使用py3.10环境中的软件时便可以运行下面命令
export PATH/public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/py3.10/bin/:$PATH最后
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