色一把做最好网站,工业和信息化部网站备案系统是什么,做网站的主要收入,新做好的网站如何做seo很久以前#xff0c;我们发布过一个单细胞多组差异基因可视化的方法。跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化。主要复现参考的是这篇发表在《Cell》上的文章。可以将多个组的差异结果展示出来。 #xff08;reference#xff1a;A Spati…很久以前我们发布过一个单细胞多组差异基因可视化的方法。跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化。主要复现参考的是这篇发表在《Cell》上的文章。可以将多个组的差异结果展示出来。 referenceA Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
这里我们对之前的帖子进行更新主要是解决之前的一些问题让作图更加清晰正确。此外我们直接将差异基因的分析和可视化包装成一个通用的函数函数有一定的可调节性。
函数解释如下 函数的使用视频见B站
https://www.bilibili.com/video/BV19w411D7qZ/?spm_id_from333.999.0.0
接下来我们测试一下这里差异基因的分析使用的是Seurat的Findmarkers函数所以一些参数和Findmarkers是一样的自行调节。最好可以将logfc.threshold和min.pct设置为0这样就可以获得所有的基因这个结果我们函数是直接保存在相关路径中的那么这么做有什么用呢这个结果可以进行富集分析更重要的是可以进行GSEA分析复现Nature图表GSEA分析及可视化包装函数、(视频教程)GSEA分析可视化函数/棒棒糖图展示富集结果。
KS_scRNA_multiVlnvo_plot(Seurat_object uterus, DEGs_outdir ./, DEGs_listF, min.pct 0.3, logfc.threshold 0.3, test.use wilcox, group orig.ident, ident.1 EEC, ident.2 HC, logFC_cut 0.3, top_geneT, text_size 3, height 0.3) 很显然由于不知道差异结果如何所以上面的图参数没有调整不是很好我们需要进行细节调整。可是如果是这样的话难道又要跑一遍差异基因分析吗显然是很麻烦的我们可考虑到这个问题。还记得上一步我们差异基因结果已经保存了吗接下来只需要作图的话dges参数设置为刚才保存的差异结果DEGs_list设置为T。
KS_scRNA_multiVlnvo_plot(Seurat_object uterus, DEGs_listT, dges sce_DEGs, logFC_cut 0.3, top_geneT, text_size 3, height 0.8) 然后我们还可以调整x轴cluster的顺序调整label。
KS_scRNA_multiVlnvo_plot(Seurat_object uterus, DEGs_listT, dges sce_DEGs, logFC_cut 0.3, top_geneT, text_size 3, xlabel c(SMC,Ly,UEC,SF,CEP,EC,MAC), idents_level c(Smooth muscle cells,Lymphocytes, Unciliated epithelial cells,Stromal fibroblasts, Ciliated epithelial cells,Endothelial cells,Macrophages), height 0.8) 最后标记的基因也可以自选。
KS_scRNA_multiVlnvo_plot(Seurat_object uterus, DEGs_listT, dges sce_DEGs, logFC_cut 0.3, text_size 3, xlabel c(SMC,Ly,UEC,SF,CEP,EC,MAC), idents_level c(Smooth muscle cells,Lymphocytes, Unciliated epithelial cells,Stromal fibroblasts, Ciliated epithelial cells,Endothelial cells,Macrophages), height 0.8, top_gene F, label_gene c(ACTA2, RGS5,MS4A6A, CD68,LYZ, CCL5, STK17B,PTPRC,DCN, COL6A3, LUM,PECAM1,PCDH17, VWF,EPCAM, CDH1,FOXJ1,CDHR3,DYDC2))好了这就是这个函数的所有内容了如果觉得分享有用点个赞再走呗
