山东网站建设系统,免费的网站模版,做网站的网络公司,上海企业建站 免费windows缺少shell命令支持用过Linux服务器分析数据的小伙伴#xff0c;一定对Linux强大Shell命令所折服#xff0c;经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。还有想学习Linux Shell命令的小伙伴#xff0c;一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据…windows缺少shell命令支持用过Linux服务器分析数据的小伙伴一定对Linux强大Shell命令所折服经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。还有想学习Linux Shell命令的小伙伴一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全虚拟机效率太低服务器也是不每个人都会买的。现在方便了Github推出了一款软件 gitforwindows只有30 M的一个windows软件却可以取代windows下的dos环境轻松实现200多个linux命令让每个windows用户轻松拥有一个功能强大的终端。Windows用户和Mac只差一个git的距离安装 gitforwindowsGit for Windows主页http://gitforwindows.org/点击页面中“Download”进入下载列表。可根据个人喜好和系统选择下载版本。这里我选择下载最新版64位版Git-2.16.1.4-64-bit.exe (如有更新请下载最新版)下载完毕双击开始安装全都默认选项一路Next至安装成功。如何使用默认安装成功在桌面或任何文件目录中点击右键菜单中会有Git Bash Here选项左键单击Git Bash Here即打开Git Bash终端现在你有了一个功能强大的终端管理你windows文件系统像linux一样。如~家目录就是用户主目录我们位置在桌面即~/Desktop值得注意几点启动Git bash的位置即当前目录/为系统根目录系统的分区c/d仅为根目录下的目录如进入C盘则输入cd /cgit只是实现了部分shell命令git运行/bin目录中所有命令同时支持系统中的dos命令和安装的程序如查看文件可以使用ls也可以使用dos命令dirGit有那些Shell命令本质上Git将Linux命令重新编写了适合windows使用的exe可执行文件版本查看一下系统中有那些可用的linux命令# 进入系统命令目录cd /bin# 查看所有exe可执行程序ls *.exe列出了247个Shell命令程序不在目录的shell命令也可上网搜索相应的windows版本exe文件人工添加至windows环境变量即。看看git支持哪些常用命令是不是已经很强大了强大到了一多半你都没用过。刚入门的小伙伴够学习一阵了。其实我们常用的也就几个awk 文本行列处理如两个表共有列合并即是一个小命令也是一门语言用好了功能极其强大cat 显示文件内容cp 复制文件与windows系统的copy功能类似cut 文件列操作dos2unix 转换windows换行符为linux格式gzip 文件压缩解压head 显示文件前N行或去除后N行less 按页查看文件内容ln 建立文件软链(快捷方式)和硬链ls 显示文件目录windows中类似命令为dirmkdir 创建新目录mv 移动或改名rm 删除文件rmdir 删除空目录scp 远程复制文件sed 文本替换也是一门语言功能极强seq 产生连续等间隔数值序列sort 排序可实现excel中多条件同时排序ssh 登陆ssh服务器你和mac只差一个ssh的距离zless 查看压缩文件简单的fasta文件操作例子我们在桌面上进建一个test文件夹进入后右键执行 git bash这时我们的起始目录即为当前test目录~/Desktop/test。我们创建一个fasta序列文件内容如下protein1MEMEQEKMTMNKELSPDAAAYCCSACHGDETWSYNHPIRGRAKSRSLSASPALGSTKEFRRTRSLHGPCPprotein2VTTFGPKACVLQNPQTIMHIQDPASQRLTWNKSPKSVLVIKKMRDASLLQPFKELCTHLMEENMIVYVEKKVLEDPAIASDESFGAVKKKFCTFREDYDDISNQIDFIICLGGDGTLLYASSLFQGSVPPVMAFHLGSLGprotein3FLTPFSFENFQSQVTQVIEGNAAVVLRSRLKVRVVKELRGKKTAVHNGLGENGSQAAGLDMDVGKQAMQYQVLNEVVIDRGPSSYLSNVDVYLDGHLITTVQGDGVIVSTPTGSTAYAAAAGASMIHPNVPAIMITPICPHSLSFRPIVVPAGVELKIMLSPEARNTAWVSFDGRKRQEIRHGDSISITTSCYPLPSICVRDPVSDWFESprotein4LAQCLHWNVRKKQAHFEEEEEEEEEG复制上以fasta格式蛋白序列全部内容在终端中输入如下命令cat加创建新文件test.txt并写始写入cat test.txt回车执行上述命令即开始编写文件状态我们只需按鼠标滚轮即可快速粘贴剪切板中内容再按CtrlD组合实现结束编辑并保存。接下来对这个序列文件进行简单的操作# 使用cat命令显示文件内容cat test.txt# fasta文件通常为.fa的扩展名mv命令改名mv test.txt test.fa# 文件很大可使用less按页查看空格翻页q退出查看模式less test.fa# 只查看序列名称行grep test.fa# 统计序列条数即上条命令接wc统计字数-l只统计行数grep test.fa |wc -l# sed去除序列名中的大于号grep test.fa | sed s///# 显示每条序列长度# 基本思路将fasta文件多行并单行两列为序列名和序列# 统计第二列长度并输出awk /^/ {printf(\n%s\t,$0);next;} {printf(%s,$0);} END {printf(\n);} test.fa | awk {print $1,length($2)}现在我们可以在windows里轻松实现大文件操作文件查看、压缩解决序列分析是不是很方便。筒子们燥起来吧Linux小抄入门小伙伴推荐学习Linux CheatSheet —— 常用linux命令速记表来自fosswire.com有多国语言版本随身常看快速入门。更深入的学习推荐陈同博士写过的Linux学习系统推文现在不用不用装Linux或必须买服务一个软件就搞定ReferenceLinux小抄 cheatsheet 多国语言版: https://fosswire.com/猜你喜欢写在后面为鼓励读者交流、快速解决科研困难我们建立了“宏基因组”专业讨论群目前己有国内外1200 一线科研人员加入。参与讨论获得专业解答欢迎分享此文至朋友圈并扫码加主编好友带你入群务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路仍末解决群内讨论问题不私聊帮助同行。学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战关注“宏基因组”
