建设网站费用如何入账,wordpress 同步博客,wordpress 免费建站,做网站的做网站麻烦吗在pycharm 2023.2.1中运行由R语言编写的ipynb文件
背景与目标#xff1a;
项目中包含由R语言编写的ipynb文件#xff0c;希望能在pycharm中运行该ipynb文件。
最终实现情况#xff1a;
未能直接在pycharm中运行该ipynb文件#xff0c;但是替代的实现方法有#xff1a;…在pycharm 2023.2.1中运行由R语言编写的ipynb文件
背景与目标
项目中包含由R语言编写的ipynb文件希望能在pycharm中运行该ipynb文件。
最终实现情况
未能直接在pycharm中运行该ipynb文件但是替代的实现方法有
①能够在网页端运行由R语言编写的ipynb文件。
②能够将该ipynb文件中的内容复制到一个R语言文件以.R为后缀中然后在pycharm中直接运行该R语言文件。
一、安装jupyter
在pycharm中打开该项目配置好项目的python interpreter即python环境。
1、在该python环境中安装jupyter
pip install jupyter2、生成jupyter的配置文件jupyter_notebook_config.py
在anaconda的终端命令行中输入
jupyter notebook --generate-config即可生成配置文件。
如果是root用户执行命令需要加上--allow-root选项即
jupyter notebook --generate-config --allow-root3、生成密码
在打开jupyter notebook时需要使用密码。
在anaconda的终端命令行中输入
jupyter notebook password出现如下提示在xxxx位置输入个人设置的密码即可
Enter password: xxxx
Verify password: xxxx
[NotebookPasswordApp] Wrote hashed password to C:\Users\PC\...\jupyter_notebook_config.json执行以上命令后可以在C:\Users\PC\...\jupyter_notebook_config.json看到与输入密码对应的哈希字符串
{NotebookApp: {password: xxxxx:xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx}
}4、将哈希密码添加到配置文件jupyter_notebook_config.py
在配置文件jupyter_notebook_config.py中添加如下代码
# ip设置为*
c.NotebookApp.ip *
# 密码设置为sha1
c.NotebookApp.password usha1:xxxxx:xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx # sha1:后面的字符串即为jupyter_notebook_config.json中的哈希字符串
# 浏览器设置不打开
c.NotebookApp.open_browser False
# 设置固定的接口
c.NotebookApp.port 8889另外如果需要指定启动jupyter后jupyter notebook的工作目录可以在此配置文件中添加如下代码
# 设置工作目录
c.NotebookApp.notebook_dir G:\....如果不指定启动jupyter后jupyter notebook的工作目录在anaconda终端命令行启动jupyter时所在的目录路径即为启动jupyter后jupyter notebook的工作目录。 参考 远程jupyterpycharm配置 一之安装与使用技巧 配置jupyter notebook-----更改工作目录 二、启动jupyter
2.1 启动jupyter服务器
在anacodna终端命令行中激活安装了jupyter的虚拟环境然后使用下方命令启动jupyter
jupyter notebook运行成功时终端出现类似如下内容的响应
[I 16:52:50.678 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: G:\....
[I 16:52:50.678 NotebookApp] Jupyter Notebook 6.5.4 is running at:
[I 16:52:50.679 NotebookApp] http://....:8889/
[I 16:52:50.679 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).其中G:\....指在步骤一中指定的工作目录路径如果步骤一中没有指定则会指向启动jupyter时所在的目录路径http://....:8889/指用浏览器查看jupyter notebook的网址将此网址复制到浏览器后输入密码在步骤一中个人设置的密码不是哈希字符串即可看到工作目录路径下的文件列表。
2.2 在网页端运行ipynb文件
打开工作目录路径中的某个自己创建的ipynb文件如果刚打开文件时界面右上角显示“内核就绪“一段时间后消失、有下图所示的标志且文件中单元格的代码可以正常运行则说明在网页中可以正常使用jupyter notebook运行ipynb文件。
若在网页端对ipynb文件进行了修改保存后pycharm中查看该文件可以发现该文件已同步修改。 环境信息python3.11.4, jupyter1.0.0, ipykernel6.19.2, tornado6.4.1 2.3 在pycharm窗口直接运行ipynb文件[未成功]
需要先复制网址到浏览器、在浏览器中运行ipynb文件不如在pycharm窗口中直接运行ipynb文件方便。但是目前试了很多方法都无法在pycharm窗口中直接运行jupyter notebook只能在网页端运行。
试过的方法包括直接使用managed server和配置jupyter server都遇到报错未能解决。
2.3.1 直接使用managed server
若直接使用managed server无法连接jupyter服务器会出现如下报错信息不懂是什么意思。
Connect to DESKTOP-xxxx:8889 [DESKTOP-xxxx/172.27.48.1, DESKTOP-xxxx/192.168.3.13, DESKTOP-xxxx/192.168.3.10, DESKTOP-xxxx/fe80:0:0:0:ea0f:7ecd:6717:1fb9%42, DESKTOP-xxxx/fe80:0:0:0:8fbf:8ab7:7778:7036%13, DESKTOP-xxxx/fe80:0:0:0:e19a:6625:31bc:f80c%12, DESKTOP-xxxx/fd62:fe1e:c324:8700:d01e:faeb:af2:c4a2, DESKTOP-xxxx/fd62:fe1e:c324:8700:7d0:ca8f:4bde:9c9a] failed: Connection refused: connect2.3.2 配置jupyter server
参考远程jupyterpycharm配置 一之安装与使用技巧在配置jupyter servers时不使用managed server、使用configured server尝试输入的Jupyter Server URL有 http://…:8889/在2.1中得到 http://…:8889?token”…“的内容写成了localhost或者127.0.01 http://…:8889?tokenxxxx”…“的内容写成了localhost或者127.0.01 http://…:8889/?tokenxxxx”…“的内容写成了localhost或者127.0.01
点击Apply按钮后均得到Jupyter Server URL is malformed格式不正确的报错信息。文章Pycharm2023.1连接远程jupyter notebook遇到的问题的作者建议不要钻牛角尖。
经过多次尝试后发现不管填写的Jupyter Server URL是什么如果jupyter server还没有启动这些URL都会被认为是”malformed“的。先在anaconda终端命令行中启动jupyter再填写这个URL写成http://....:8889最后一个/可有可无这个URL需要手动输入密码或者http://....:8889?tokenxxxx这个URL不需要手动输入密码就不会再出现格式不正确的报错信息。
但是配置完成jupyter server后仍会弹出如下报错信息暂时没找到解决方法。
Error with connection to Jupyter: server responded with 403 on Request(methodGET, urihttp://DESKTOP-IC2DEU6:8889/api/kernelspecs/, headers[], bodynull, redirectLimit10, contextContext(mayInteractUitrue)). [200] was expected.网上提到的解决方法有 使用其他版本的Pycharm 修改tornado版本为5.1.1对应的python版本也要修改与5.1.1的tornado适配的python版本是3.7参考文章Pycharm无法使用jupyter 创建一个新的python虚拟环境尝试后无效。默认安装的tornado版本6此时只降低tornado版本甚至会出现在网页端无法连接内核的问题。 与5.1.1的tornado冲突的包有terminado、notebook、jupyter-server、jupyter-client、ipykernal。感觉需要多个包版本协调才有可能克服这个问题但是追溯起来有些复杂暂时作罢。 修改tornado版本为4.5.3问题同上 修改ipykernel版本为4.5.2问题同上
三、安装R和R内核
3.1 安装R
安装R的过程可参考文章如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 图文详解。
3.2 安装IRkernel
安装R后打开R consoleR console窗口如下图所示。 1、在R console中输入下方命令安装IRkernel
install.packages(IRkernel)等待一段时间即安装完成。最终提示下载的二进制程序包在C:\Users\PC\AppData\Local\Temp\RtmpMNCSMh\downloaded_packages里
2、在R console中输入下方命令在当前R安装中注册kernel
IRkernel::installspec()执行此命令后会安装一个名为ir的内核。
3、在R console中输入下方命令指定kernel安装范围为全系统而不仅是当前用户
IRkernel::installspec(user FALSE)4、在anaconda终端命令行中启动任一环境均可使用下方命令检查当前jupyter可使用的内核检查内核安装是否成功
jupyter kernelspec list如果列出的Available kernels中出现ir如果先前使用过python列表中一般还会有python3即说明R内核安装成功。
此时启动jupyter在网页端打开工作目录中的某个R语言编写的ipynb文件如果默认使用的还是python3的内核看界面右上角可知使用的内核可以点击kernel-”Change kernel“-R更换内核为R内核。 参考juypyter notebook安装 R核IRkernel 四、在pycharm中运行R语言文件
4.1 安装R相关的插件
在Pycharm中点击Files-“Settings”-“Plugins”-“Marketplace”在搜索栏中搜索安装插件“R language for Intellij”。 等待一段时间后即可安装完成。
4.2 编辑R的环境变量
在windows中搜索环境变量点击“环境变量”选中系统变量的中“Path”点击“编辑” -“新建” 将R安装的路径具体到bin文件夹如G:\Software\R\R-4.4.1\bin添加进去。 参考pycharm实现R语言运行环境安装配置的实现步骤 4.3 在Pycharm中配置R解释器
在Pycharm中点击Files-“Settings”-“Project: xxxx”-“R Settings”在Project R Interpreter处添加AddR解释器选择4.2中配置的R安装路径下的R.exe即G:\Software\R\R-4.4.1\bin\R.exe。
此时出现提示Unsupported R version: 4.4.1. Do you want to continue?点击继续后续发现并不影响使用。
之后就可以在Pycharm中运行R语言程序了虽然同样不能直接在Pycharm窗口中运行由R语言编写的ipynb文件但是可以将其中的内容复制到R语言文件中运行。
