网站空间的分类,公司名称可以变更吗,购物商城建设,手机端steam怎么调中文iPHoP#xff1a;病毒宿主预测-CSDN博客
之前介绍了这个方法来预测病毒宿主#xff0c;今天来介绍另一种比较用的多的方法CRISPR比对
CRISPR spacers数据库 Dash 在这可以下载作者搜集的spacers用于后期比对
CRT和PILER-CR 使用 CRT 和 PILERCR 识别 CRISPR 间隔区#x…iPHoP病毒宿主预测-CSDN博客
之前介绍了这个方法来预测病毒宿主今天来介绍另一种比较用的多的方法CRISPR比对
CRISPR spacers数据库 Dash 在这可以下载作者搜集的spacers用于后期比对
CRT和PILER-CR 使用 CRT 和 PILERCR 识别 CRISPR 间隔区合并冗余 CRISPR 阵列并格式化输出
用的是别人写好的代码好用就行这两软件太老了别人帮忙下好配置好了
Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruses from the human gut microbiome | Nature Microbiology MGV/crispr_spacers at master · snayfach/MGV · GitHub
#运行
software/home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/Software/MGV/crispr_spacers
out_dir/home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/database/SPACER_rumen_MAGs
gunzip -k *
dir_name$(basename $(pwd))
mkdir ${out_dir}/${dir_name}
for i in *.fa
donum${i%%.fa}dir$(pwd)cd ${software}identify_crispr.py -i ${dir}/${num}.fa -o ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacermerge_crispr.py ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/crt ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/pilercr ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/mergedcd ${dir}
done
rm *.fa
spacers比对
我们现在有了两组spacers一组是NAR文章整理的一组是宿主MAG提取的。
使用Blastn进行比对viral contigs和spacers
参考文献的Viral host prediction部分A metagenomic catalog of the early-life human gut virome | Nature Communications
blastn -query ${fa}/fetal_5.0_95.fa -db ${database} -evalue 0.0000001 -gapopen 10 -gapextend 2 -reward 1 -penalty -1 -word_size 5 -perc_identity 100 -max_target_seqs 10000 -out ${out}/fetal_vOTU_spacerDB.txt -outfmt 6 -num_threads 150
