百度网站安全在线检测,用电脑做网站,郑州建设信息网官网首页,wordpress 标签不显示图片molUP是一个VMD扩展#xff0c;提供了一个简单的方式来加载和保存高斯文件#xff0c;并分析相关的结果。 molUP为VMD提供了一个图形界面#xff0c;用户可以加载和保存高斯文件格式的化学结构。这个扩展包括一组工具来设置高斯支持的任何计算#xff0c;包括ONIOM通过互动… molUP是一个VMD扩展提供了一个简单的方式来加载和保存高斯文件并分析相关的结果。 molUP为VMD提供了一个图形界面用户可以加载和保存高斯文件格式的化学结构。这个扩展包括一组工具来设置高斯支持的任何计算包括ONIOM通过互动图分析能量生动的振动频率画出与这些频率相关的向量修改键、角和二面体并收集关于所用方法的文献信息。
主要特点:
加载高斯输入(.com)和输出文件(.log)上的VMD 分配ONIOM层(High-, Medium-, and Low-level) 在几何优化期间选择自由和固定原子(冻结状态Freeze status) 分析和编辑原子电荷 使用高斯输入部分设置新的高斯计算 跨反应坐标进行负载扫描并绘制结构能量图 加载高斯频率计算动画振动模式并显示各自的向量 展示快速有用的表示法例如蛋白质、不同的离子层和固定的原子 结构操控:调整键长、角度幅度、二面角扭转 根据计算中采用的方法和功能类型提供完整的参考书目列表 添加新的原子和分子碎片 移除新原子 除其他外。 软件官网:
https://biosim.pt/molup/
源代码:
https://github.com/BioSIM-Research-Group/molUP 联系作者:hfernandesmed.up.pt 引用
S. Fernandes, H., M.J. Ramos, and N. M. F. S. A. Cerqueira, molUP: A VMD plugin to handle QM and ONIOM calculations using the gaussian software. Journal of Computational Chemistry DOIhttp://doi.org/10.1002/jcc.25189 安装最低要求 操作系统:macOS、Linux和Windows 可视化分子动力学(VMD) 1.9.3或更高版本 自动安装 可以通过vmdStore快速安装molUP.
vmdStore:
https://github.com/BioSIM-Research-Group/vmdStore
https://sourceforge.net/projects/vmdstore/ 手动安装 手动安装molUP:
下载软件包。 将molUP目录复制到计算机上的某个位置。 复制“install.txt”文件中的文本并粘贴到环境变量文件.vmdrc文件(macOS和Linux)或vmd.rc文件(Windows)。 (该文件位于主目录中) 将字符串“$::vmdStorePath/plugins/molUP”替换为molUP文件安装位置。 保存.vmdrc或vmd.rc文件。 重启VMD。 (可选)从bash运行molUP molUP现在支持直接从命令行加载高斯文件(适用于macOS和Linux)。
教程: 将下面一行添加到的.bashrc (Linux)或者.bash_profile (macOS)文件。
(该文件位于主目录中) 编辑path of the bashScript.tcl file字段该字段要写成位于molUP文件安装位置中文件“molUP/lib/bashScript.tcl”的路径:
alias molUPvmd -e path of the bashScript.tcl file -args 从命令行调用molUP: 使用标准程序打开高斯文件:
molUP Gaussian file
打开高斯输出文件读取所有可用的结构:
molUP Gaussian file -all 本公众号不定期发布有关DFT计算相关内容主题多变且不固定。
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