高校两学一做网站建设,道滘镇仿做网站,网站建设与管理试题,广告设计公司深圳营销策划公司欢迎浏览我的CSND博客#xff01; Blockbuater_drug …点击进入 文章目录 前言一、Mol2文件合并二、Mol2文件拆分为含有单个分子的文件三、Mol2文件分子名称修改与提取3.1 分子名称修改去除空格3.2 文件名称提取 四、Mol2文件包含分子计数4.1 Mol2文件中分子计数4.2 分子计数传… 欢迎浏览我的CSND博客 Blockbuater_drug …点击进入 文章目录 前言一、Mol2文件合并二、Mol2文件拆分为含有单个分子的文件三、Mol2文件分子名称修改与提取3.1 分子名称修改去除空格3.2 文件名称提取 四、Mol2文件包含分子计数4.1 Mol2文件中分子计数4.2 分子计数传递变量 五、Mol2文件与其他格式文件的转换总结参考资料 前言
Mol2格式文件是常用的分子结构存储文件可以在一个.Mol2文件中记录单个或多个分子的立体结构信息、电荷信息以及其他信息。 本文介绍Mol2分子处理的常见操作包括文件合并与拆分分子名称修改分子计数与变量传递等。 Mol2文件格式的介绍化学分子Mol2文件格式与使用注意事项 Tripos Mol2 Format File分子结构 mol2格式文件的详细介绍mol2格式文件的详细介绍PDF
一、Mol2文件合并
6个文件每个包含0个1个或者过个分子M1.mo2, M2.mol2M3.mol2M4.mo2M5.mol2M6.mol2 合并前三个文件到新文件merge-3.mol2利用Linux命令cat
#用cat命令定向输出
cat *.mol2 Merge1-3.mol2将M4.mo2M5.mol2M6.mol2三个文件中分子添加进Merge1-3.mol2命名Merge1-6.mol2;
# cat 追加然后改名
cat M4.mo2 M5.mol2 M6.mol2 Merge1-3.mol2
mv Merge1-3.mol2 Merge1-6.mol2具体用法: obabel *.mol2 -omol2 -O mergemol2.mol2
obabel *.mol2 -omol2 -O mergemol2.mol2
obabel *.mol2 -osdf -O mergemol2.sdf二、Mol2文件拆分为含有单个分子的文件
来自数据库或者供应商的文件列表往往是包含多个分子的文件多分子的Mol2文件可以用以下Python脚本拆分支持Python2或者Python3来自AspirinCode博主。 用法
python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dir将需要拆分的文件命名为multi-mol2.mol2在同一目录建立文件夹out_dir运行以上脚本。
split_multimol2.py脚本内容
#Python2 or Python3
#AspirinCode 2018
#Script that splits a multi-mol2 file into individual mol2 files.
#python split_multimol2.py multi-mol2.mol2 out_dirimport sys
import osdef split_multimol2(multimol2):Splits a multi-mol2 file.Parameters----------multimol2 : strPath to the multi-mol2 file.Returns----------A generator object for lists for every extracted mol2-file. Lists containthe molecule ID and the mol2 file contents.e.g., [ID1234, TRIPOSMOLECULE...with open(multimol2, r) as mol2file:line mol2file.readline()while not mol2file.tell() os.fstat(mol2file.fileno()).st_size:if line.startswith(TRIPOSMOLECULE):mol2cont []mol2cont.append(line)line mol2file.readline()molecule_id line.strip()while not line.startswith(TRIPOSMOLECULE):mol2cont.append(line)line mol2file.readline()if mol2file.tell() os.fstat(mol2file.fileno()).st_size:mol2cont.append(line)breakmol2cont[-1] mol2cont[-1].rstrip() # removes blank line at file endyield [molecule_id, .join(mol2cont)]def write_multimol2(multimol2, out_dir):Splits a multi-mol2 file into smaller multi-mol2 files.Parameters-----------multimol2 : strPath to the multi-mol2 file.out_dir : str:Output directory. New files will be namedmolecule_name_1.mol2, ... molecule_name_n.mol2Returns-----------chunks : intNumber of files written.if not out_dir:os.mkdir(out_dir)single_mol2s split_multimol2(args.MOL2_FILE)for mol2 in single_mol2s:out_mol2 os.path.join(args.OUT_DIR, mol2[0]) .mol2with open(out_mol2, w) as out_file:for line in mol2[1]:out_file.write(line)out_file.write(\n)def write_multimol2_chunks(multimol2, chunk_size, out_dir):Splits a multi-mol2 file into smaller multi-mol2 files.Parameters-----------multimol2 : strPath to the multi-mol2 file.chunksize : intNumber of mol2 files per chunk.out_dir : str:Output directory. New files will be namedmultimol2_1.mol2, ... multimol2_n.mol2Returns-----------chunks : intNumber of files written.if not os.path.exists(out_dir):os.mkdir(out_dir)out_path_stem os.path.dirname(multimol2)out_file_stem os.path.basename(multimol2).split(.mol2)[0]cnt 0chunks 1out_file open(os.path.join(out_dir, out_file_stem)_%d.mol2 % chunks, w)for mol2 in split_multimol2(multimol2):cnt 1if cnt chunk_size:cnt 0chunks 1out_file.close()out_file open(os.path.join(out_dir, out_file_stem)_%d.mol2 % chunks, w)out_file.write(mol2[1] \n)out_file.close()return chunksif __name__ __main__:import argparseparser argparse.ArgumentParser(descriptionSplits a multi-mol2 file into individual mol2 files,formatter_classargparse.RawTextHelpFormatter)parser.add_argument(MOL2_FILE)parser.add_argument(OUT_DIR)parser.add_argument(-c, --chunksize, helpNumber of MOL2 structures per file (1 by default), typeint)parser.add_argument(-v, --version, actionversion, versionsplit_multimol2 v. 1.1)args parser.parse_args()if args.chunksize:write_multimol2_chunks(multimol2args.MOL2_FILE, chunk_sizeargs.chunksize, out_dirargs.OUT_DIR)else:write_multimol2(multimol2args.MOL2_FILE, out_dirargs.OUT_DIR)拆分后单一分子的文件名是mol2分子的名称即MOLECULE字段的第一行。
三、Mol2文件分子名称修改与提取
3.1 分子名称修改去除空格
由于包含单一分子的mol2文件中分子名称文件第二行的命名相对自由其中可以包含空格等字符以此命名mol2文件名会在后续文件名操作中带入空格Tab等出现变量传递错位等问题。 这里展示从拆分后多个mol2文件中删除分子名称中的空格\s和Tab(\t)
cd out_dir
filelists$(ls)
for file in ${filelists}; do if [ ${file##*.} mol2 ]; then newmol2name${file%.*}; sed -i 2s/\s//g; 2s/\t//g ${file}fi
done
cd ..3.2 文件名称提取
有时需要mol2文件名字列表
cd out_dir
ls *mol2 ./mol2_name_list.csv
cd ..四、Mol2文件包含分子计数
4.1 Mol2文件中分子计数
Mol2文件格式可以看出每个分子之间都是以关键字TRIPOSMOLECULE分割文件中分子计数就是输出其数量 grep命令简单提取该关键字然后计数缺点就是分子数量多的时候屏幕会滚动输出该关键字。
grep TRIPOSMOLECULE ./multi-mol2.mol2 | wc -l4.2 分子计数传递变量
将数出的分子数量传递给变量mol2_num:
mol2_num$(grep TRIPOSMOLECULE ./multi-mol2.mol2 | wc -l)
echo the number in multi-mol2.mol2 is: ${mol2_num} 五、Mol2文件与其他格式文件的转换
可使用Openbabel 批量转换为sdf格式和smile
obabel *.mol2 -osdf -O .sdf -m
obabel *.mol2 -osmi -O .smi -m建议使用MOE等软件避免转换中原子类型等不一致。 总结
Mol2格式文件是常用的分子结构存储文件可以在一个.Mol2文件中记录单个或多个分子的立体结构信息、电荷信息以及其他信息。 本文介绍Mol2分子处理的常见操作包括文件合并与拆分分子名称修改分子计数与变量传递等。
参考资料
https://bbdrug.blog.csdn.net/article/details/136274381https://download.csdn.net/download/weixin_40192882/88872977 欢迎浏览我的CSND博客 Blockbuater_drug …点击进入
