站长工具外链查询,手机百度app安装下载,网站建设服务公司案例,微信公众平台公众号1、蛋白质的准备#xff1a;
在RCSB网站下载想要的蛋白晶体#xff08;教程里是3htb#xff09;#xff0c;用notepad等编辑器或是分子可视化软件除去里面的非蛋白分子或离子。
这里采用的是一个经过分子对接后的蛋白质pdb和配体小分子的pdb。
教程里提到的配体是2-丙基…1、蛋白质的准备
在RCSB网站下载想要的蛋白晶体教程里是3htb用notepad等编辑器或是分子可视化软件除去里面的非蛋白分子或离子。
这里采用的是一个经过分子对接后的蛋白质pdb和配体小分子的pdb。
教程里提到的配体是2-丙基苯酚JZ4是一个非肽类分子同时存在于3htb蛋白里。可以用notepad给他抽出为一个单独的pdb。如果是一个短肽类分子可以利用gromacs自带的蛋白力场为其生成力场参数应该可以。
将蛋白质pdb进行处理生成top文件和gro坐标文件命令运行后弹出的力场选项中选择第1个CHARMM36力场
gmx pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -ter
之后选择TIP3P模型作为水分子选择NH3和COO-作为蛋白链的末端原子。
2、将配体分子转为需要的mol2格式
我还是用discovery studio进行加H添加力场和输出为mol2文件。
下载相关的charmm36力场charmm36-jul2022.ff.tgz和一个python脚本cenff_charmm2gmx.py根据实际环境。下载链接http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs 将下载的tgz文件解压到存放蛋白和配体pdb文件的工作目录下成为一个子目录。
3、为配体mol2文件生成拓扑文件
在CGenFF 服务器注册账号然后使用这个网站完成拓扑数据的生成但是我注册不了填好注册信息点击注册卡信息清空..
下载Sob老师提供的Sobtop程序可以gromacs适合的拓扑文件同时这个程序非常方便下载后打开里面的exe文件就能运行大佬不愧是大佬。
下载界面的下方有11个例子参考我根据例子2完成对小分子拓扑文件的生成。 4、建立复合物的gro文件
用protein.gro拷贝成一个新文件修改名为complex.gro。将ligand.gro里的原子坐标放到complex里再在盒子数据上方空一行 这里推荐使用notepad3进行编辑win10自带的笔记本确实不行不能看清楚数据之间的空格情况容易报错。
这里不用留空行留了会报错。
主要的问题应该还是空格没有处理好。 蛋白有4892个原子配体是33个原子所以在complex.gro的第2行表示原子数修改为4825
配体里的原子数从1又重新排序了这个应该不伤大雅。
5、建立复合物的拓扑文件
同目录下有个topol是一个包含蛋白质拓扑信息的文件在使用pdb2gmx时生成。这个蛋白是一个双链蛋白因为活性口袋在两个蛋白双螺旋之间。同目录下还有两个分开的独立链的top文件。
在topol里用#include语句导入蛋白的top信息如果蛋白是单链的话数据会直接导入到topol中。根据前面导入力场导入蛋白链拓扑的命令的格式插入导入配体拓扑的命令 6、规避报错关于[atomtypes]
利用Sob老师生成的小分子itp文件中有[atomtypes]这个部分如果不处理会报错。确实在官方manual里的top文件模板中不会出现[atomtypes]这一项。
在manual里top文件的格式如下是没有[atomtypes]这个部分的。
;
; Example topology file
;
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ1 1 no 1.0 1.0; The force field files to be included
#include rt41c5.itp[ moleculetype ]
; name nrexcl
Urea 3[ atoms ]
; nr type resnr residu atom cgnr charge1 C 1 UREA C1 1 0.6832 O 1 UREA O2 1 -0.6833 NT 1 UREA N3 2 -0.622[ bonds ]
; ai aj funct c0 c13 4 1 1.000000e-01 3.744680e053 5 1 1.000000e-01 3.744680e056 7 1 1.000000e-01 3.744680e05[ pairs ]
; ai aj funct c0 c12 4 1 0.000000e00 0.000000e002 5 1 0.000000e00 0.000000e002 7 1 0.000000e00 0.000000e00[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c11 3 4 1 1.200000e02 2.928800e021 3 5 1 1.200000e02 2.928800e024 3 5 1 1.200000e02 3.347200e02[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c22 1 3 4 1 1.800000e02 3.347200e01 2.000000e006 1 3 4 1 1.800000e02 3.347200e01 2.000000e002 1 3 5 1 1.800000e02 3.347200e01 2.000000e00[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c13 4 5 1 2 0.000000e00 1.673600e02; Include SPC water topology
#include spc.itp[ system ]
Urea in Water[ molecules ]
Urea 1
SOL 1000
我的做法是将这些原子添加到力场文件中。 如图根据topol里提供的信息找到gromacs提供的所用力场的文件地址
PS这里图截错了实际应该是#include amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp 打开forcefield.itp文件会发现其还是用include命令调用了两个itp文件。 将这三个itp文件拷贝到我的工作目录存放了protein.gro、ligand.gro、topol什么的文件夹下的子文件夹ff里
在ffnonbonded.itp文件里有原子类型信息(用笔记本打开查看可以将配体itp里的atomtype的数据拷贝过去最后保存。 之后修改topol里调用forcefield.itp的命令将其路径改为调用修改后的forcefield.itp文件存放的位置ff文件夹 到这里提示拓扑文件里有[atomtypes]的fatal报错就会消失。
7、定义盒子大小和添加溶剂分子
定义盒子
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
#要查看每个参数是什么意识可以用gmx editconf -h
添加溶剂水
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
#没有tip3p.gro
#用spc216的gro代替不过拓扑信息还是用tip3p的水
我觉得不一定要用tip3p.gro不会报错就不错了 。
8、规避报错分子数量的报错
这里添加了水到复合物的gro文件里但是topol文件里的[melocules]还是没有更新的状态所以有下面的报错 这里提示了坐标文件中原子数和拓扑文件中的原子数不同。Fatal error: number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510) does not match topology...-CSDN博客
这篇博客中老师的方法给了我提醒。要在topol文件的molecules里添加水的分子数这里多出75549个原子就是25183个水分子除以3。 这里为什么是SOL 其实这个记录在每个分子的itp文件的[moleculetypes]部分里。如下图在[dir]\gmx\share\gromacs\top\amber99sb-ildn.ff文件夹下的tip3p.itp文件里的[moleculetype] 所以这个水的分子名是SOL。
9、添加离子
写一个mdp文件重命名为ions.mdp真不懂为什么加离子就要用到这种文件。
#生成一个tpr文件
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
#添加离子生成一个新的gro文件
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral# 运行最后一个添加离子的命令后会出现如下的选项
Reading file ions.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
......
Group 8 ( SideChain) has 3352 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 1174 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has 4892 elements
Group 11 ( non-Protein) has 75582 elements
Group 12 ( Other) has 33 elements
Group 13 ( MOL) has 33 elements
Group 14 ( Water) has 75549 elements
Group 15 ( SOL) has 75549 elements
Group 16 ( non-Water) has 4925 elements
Select a group:
#这里输入15
输入15因为我的topol里的溶剂分子类型写的就是SOL查看topol文件添加的离子文件已经更新到文件里 采用VMD或是Pymol检查配体和蛋白之间是否存在挨太近等不合理的状况 参考教程
Protein-Ligand Complex
