途牛网电子商务网站建设分析,上海专业seo服务公司,国外做科研的网站,微网站 留言板校准曲线图表示的是预测值和实际值的差距#xff0c;作为预测模型的重要部分#xff0c;目前很多函数能绘制校准曲线。 一般分为两种#xff0c;一种是通过Hosmer-Lemeshow检验#xff0c;把P值分为10等分#xff0c;求出每等分的预测值和实际值的差距. 另外一种是calibra…校准曲线图表示的是预测值和实际值的差距作为预测模型的重要部分目前很多函数能绘制校准曲线。 一般分为两种一种是通过Hosmer-Lemeshow检验把P值分为10等分求出每等分的预测值和实际值的差距. 另外一种是calibration函数重抽样绘制连续的校准图 今天我们来视频演示第一种手动绘制的好处在于加深你对绘图的理解而且能个性化的进一步处理图形。第一种绘图本质就是我们的折线图 R语言手动绘制logistic回归预测模型校准曲线Calibration curve1 代码
library(ggplot2)
library(rms)
#公众号零基础说科研公众号回复早产数据可以获得数据
bc-read.csv(E:/r/test/zaochan.csv,sep,,headerTRUE)
######
bc$race-ifelse(bc$raceblack,1,ifelse(bc$racewhite,2,3))
bc$smoke-ifelse(bc$smokenonsmoker,0,1)
bc$race-factor(bc$race)
bc$ht-factor(bc$ht)
bc$ui-factor(bc$ui)
#########
fit-glm(low ~ age lwt race smoke ptl ht ui ftv,family binomial(logit),data bc)
#得出预测概率
pr1 - predict(fit,type c(response))#得出预测概率
p pr1
##使用order函数对P值排序这里注意一下order§排的是位置
sor - order(p)
#P值按order来排列
p - p[sor]
#Y值也按order来排列
y bc[, low]
y - y[sor]
###把P值分为10个等分区间
groep - cut2(p, g 10) #来自rms包
###计算每个等分的P值和Y值
meanpred - round(tapply(p, groep, mean), 3)
meanobs - round(tapply(y, groep, mean), 3)
##绘图
plot(meanpred, meanobs)
###修饰一下
plot(meanpred, meanobs,xlab Predicted risk, ylab Observed risk, pch 16, ps 2, xlim c(0, 1), ylim c(0, 1), cex.lab 1.2, cex.axis 1.1, las 1)
abline(0, 1, col grey, lwd 1, lty 1)
######使用PredictABEL包的plotCalibration函数来验证一下我们计算的正确性
library(PredictABEL)
plotCalibration(data bc,cOutcome 2,#结果在第几行就选几predRisk pr1,groups 10,rangeaxis c(0,1))
#########
source(E:/r/test/ggfit.R)#gg2-function(data,p,y,group1,leb) y1-bc[, low]plot1-gg2(bc,pr1,y1)ggplot(plot1, aes(xmeanpred, ymeanobs)) geom_errorbar(aes(yminmeanobs-1.96*se, ymaxmeanobs1.96*se), width.02)annotate(geom segment, x 0, y 0, xend 1, yend 1)expand_limits(x 0, y 0) scale_x_continuous(expand c(0, 0)) scale_y_continuous(expand c(0, 0))geom_point(size3, shape21, fillwhite)xlab(预测概率)ylab(实际概率)gg3(bc,pr1,y1)
