专业企业建站价格,宁波江东区网站建设,手机代理,建设网站的规则CPT文件#xff1a;该文件为模拟断点文件(check point#xff0c;.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生#xff0c;保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到#xff0c;一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟因为外界条件中断#xf… CPT文件该文件为模拟断点文件(check point.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟因为外界条件中断可以使用该文件重新在断点处开始模拟以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始并延长模拟计算(见tpbconv)。EDR文件系统能量文件(energy.edr)。该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等。EPS文件封装文件格式(.eps)并不是GROMACS自身文件格式可以当图片打开。LINUX系统下一般已经有默认打开程序WINDOWS要安装其他打开程序。GROMACS的DSSP等通过xpm2ps处理后都是这个文件格式。G87文件分子坐标文件(.g87)。该文件记录并只记录原子坐标和速度不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。G96文件分子坐标文件(.g96)。GROMOS96程序的分子坐标文件模拟程序以C语言格式写入精度较高但是会比较大。包含有文件头时间步原子坐标原子速度以及盒子信息等。GRO文件分子坐标文件(.gro)。GROMACS的最主要分子坐标文件。该文件类型的各个文本列字数固定C语言的写入格式为%5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f。具体固定文本列有残基序号5位数残基名称5字母原子名称5字母原子序号5为数原子坐标三列XYZ坐标各8位数含3个小数位速度同坐标速度单位为nm/ps(km/s)。ITP文件分子拓扑文件(.itp)。被主拓扑文件(.top)包含的分拓扑文件一般包含某个特定分子的类型。与主拓扑文件区别是它不引用其他力场文件同时不包含[system][molecule]等拓扑字节。M2P文件xpm2ps程序配置文件定义输出eps文件中颜色字体种类及大小等。MDP文件GROMACS的模拟配置文件(.mdp)。该文件所含定义较多各关键字的含义可以查阅GROMACS手册。N2T文件原子名称及类型对照文件(.n2t)。x2top程序可以按照原子名称得到该原子的原子类型力场参数N2T就是x2top程序扫描的数据库文件很小。文件中文本行有原子名称原子类型原子电量原子质量该原子与其他原子成键距离等。NDX文件原子索引文件(.ndx)。该文件含原子的序号当使用make_ndx程序生成索引文件时可以定义不同的原子组每组名下即是该组所含各个原子的序号。PDB文件分子坐标文件(.pdb)。RTP文件残基力场参数文件(.rtp)。该文件包含常见残基的力场信息包括残基所含原子成键种类等。使用pdb2gmx处理PDB文件时程序按照PDB文件信息在RTP文件中寻找对应的残基力场信息。TOP文件模拟系统的拓扑文件(.top)。该文件就是所谓十分及其著名的系统拓扑文件其包含各个关键字都十分易懂一般其还包含引用其他力场文件(#include)。TOP文件一般由pdb2gmx产生grompp程序生成模拟TPR文件时使用。TPR文件模拟打包文件(.tpr)。该文件打包模拟需要各种信息包括模拟系统模拟控制等。TRJ文件全精度轨迹文件(.trj)。该文件包含模拟系统模拟各个时间下的原子坐标速度和受力等。所含帧数频率由MDP文件控制文件较大。XPM文件数据矩阵文件(.xpm)。该文件矩阵中每个值即是矩阵点所表示的物理量大小(也可以是布尔值)。该文件其实就是二维图可以使用xpm2ps转换为图片。XTC文件模拟轨迹单精度文件(.xtc)。单精度轨迹文件文件较TRR和TRJ小为常用分析文件。包含模拟系统中原子坐标模拟时间和模拟盒子信息。XVG文件二维图标文件(.xvg)。二维画图工具xmgrace的默认文件可以使用xmgrace打开。aminoacids.dat该文件保存GMX默认的蛋白质和核算的默认残基名称。如果计算过程要建立一个新的蛋白质或者核算残基可以将新的残基名称加到该文件中并增加文件第一个的整数即可。有时候可以将该文件拷贝到当前工作文件夹进行编辑以不影响其他计算的命名(GMX的文件搜索总是从当前目录开始的)。FF.datGMX默认力场列表即pdb2gmx处理PDB文件时可以选择的立场列表。增加新的力场可以编辑该文件并修改文件第一行的整数使其与力场种类数目一致。specbond.datGMX处理特殊化学键的文件特殊化学键包括二硫键血红素铁原子于其他原子成键等。该文件第一行指明特殊键对的数目第二行开始即为各个特殊键对的信息其中第一列为键对第一个残基的名称第二列为该残基成键原子的名称第三列为该原子可以成键的数目第四到第六列为成键另一个残基的信息第七列为该化学键的平衡长度此后两列为成键后残基的新名称。vdwradii.dat原子范德华半径数据库。使用genbox为系统添加水分子或者使用genion为系统添加离子时各个原子间的距离要大于两个原子范德华半径之和否则为原子重叠。如有疑问可加入我们“模拟之家”官方QQ群:709020941群内将定期分享计算模拟最新方法、教程、入门干货同时和大家共同探讨计算模拟学术问题。温馨提醒请勿在群里发送广告否则会立刻请出群一起营造良好交流环境。希望大家能够扩散给更多优秀的小伙伴大家一起在交流中共同进步。
