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本书的目的是教你如何开发包#xff0c;以便你可以写出自己的包#xff0c;而不只是使用别人的包。
为什么要写一个包#xff1f; 一个令人信服的理由是#xff0c;你想要与他人分享代码。把你的代码打成一个包#xff0c;可以方便他人使用#xff0c;因为他们像你…简介
本书的目的是教你如何开发包以便你可以写出自己的包而不只是使用别人的包。
为什么要写一个包 一个令人信服的理由是你想要与他人分享代码。把你的代码打成一个包可以方便他人使用因为他们像你一样也知道如何使用包。如果你的代码在包中则任何 R 用户都可以轻松地下载、安装和学习如何使用它。 【在 R 中可分享代码的基本单位是包】 即使你从不分享你的代码包也很有用。它主要是节省你自己的时间。”把代码组织在一个包中会让你工作起来更容易因为包有一些通用的约定。标准化的规范带来标准化的工具 1.1 开发理念 任何可以自动化的都应该自动化。把手动工作量降到最小。目标是让你将时间用于思考你想要包做什么而不是包结构的各种细节。 这一理念主要是通过 devtools 包RStudio 来实现的 1.2 入门
确保你有最新版本的 R至少是 3.1.2),获得你将要用到的包 install.packages(c(devtools, roxygen2, testthat, knitr))H还需要一个 C 编译器和几个命令行工具 在 Windows 下下载并安装 RtoolsRTools: Toolchains for building R and R packages from source on Windows。注意这不是一个 R 包 在 Mac 下确保你有 Xcode可在 App Store 上免费获取或 Xcode 命令行工具Sign In - Apple。 在 Linux 下确保你不仅安装了 R而且还安装了 R 开发工具。例如在 Ubuntu 和 Debian 上你需要安装 Ubuntu 的 r-base-dev 包。
1.3 约定 在本书中foo() 指函数bar 指变量或函数参数baz/ 指路径# 是输出注释# 是常规的注释。 包的结构
2.1 给包命名
2.1.1 命名的要求
选择一个很容易被搜索到的独特的名字。这很容易让潜在的用户找到你的包并且容易记住的包名。
2.1.2 命名的策略
找到一个和这个问题相关的词修改它如plyrlubridateknitrtestdat
使用缩略词Rcpplvplot 增加一个额外的 rstringrtourr gistr 2.2 创建一个包
第一种方法
(1) 单击 File | New Project文件 | 新项目。
(2) 选择 New Directory新的目录
(3) 下一步选择 R PackageR 包
(4) 最后给出你的包名然后单击 Create Project创建项目 第二种方法 R 里面通过命令来创建
devtools::create(path/to/package/pkgname)
以上两种方法创建的包都属于最小的可用包它有三个组成部分。
(1) 一个 R/ 目录
(2) 一个描述文件 DESCRIPTION
(3) 一个命名空间文件 NAMESPACE
这个包还包括一个 RStudio 项目文件 pkgname.Rproj这将使你的包易于在 RStudio 中使用。 如果你的包中不包含.Rproj文件 可以使用 devtools::user_rstudio(path/to/package) 来添加它。 .Rproj 文件只是一个文本文件。不需要手动来修改这个文件。通常可以使用友好的 Project Options项目选项对话框通过 RStudio 右上角的 Projects项目菜单来访问 2.3 RStudio 项目
使用Rstudio的好处 每个项目都是独立的在一个项目中运行的代码不会影响任何其他项目。 你可以获得方便的代码导航工具如 F2 可以跳转到函数的定义Ctrl. 可通过名字来查找函数。 有用的快捷键用于通用的包开发任务 2.4 什么是包
2.4.1 源码包
源码包只是包含 R/ 子目录、DESCRIPTION 等组件的一个目录。
2.4.2 压缩包
压缩包是一个已经压缩为单个文件的包R 中的压缩包使用 .tar.gz 扩展名。这意味着多个文件已经被打包成一个文件.tar并用 gzip.gz压缩过。
如果你解压一个压缩包会看到它和你的源码包看起来几乎一样。解压的包和源码包的主要区别如下。 使用指南被创建你可以得到 HTML 和 PDF 输出而不是 Markdown 或者 LaTex 的输入。 你的源码包中可能包含开发时产生的一些临时文件比如 src/ 目录下编译生成的中间文件它们在解压的包中是不存在的。 .Rbuildignore 文件中列出的任何文件都不会出现在解压的包中。 .Rbuildignore的介绍
.Rbuildignore 防止源码包中的文件出现在压缩包中。它允许你在源码包中包含比压缩包中更多的目录。这在你从其他文件生成包的内容比如数据时特别有用。这些文件应该包含在源码包中但是只有结果需要发布。这对于 CRAN 包顶层目录的个数是固定的来说特别重要。
一个典型的 .Rbuildignore 文件 2.4.3 二进制包
二进制包是一个单独的文件。如果将它解压缩你会看到它的内部结构和源码包大不一样
二进制包是平台相关的不能在 Mac 上安装一个 Windows 二进制包也不能在Windows 上安装一个Mac 二进制包 Meta/ 目录包含大量 Rds 文件这些文件缓存了包的一些元数据比如帮助文件包含了什么主题以及解析出的 DESCRIPTION 文件中的版本信息。 html/ 目录包含 HTML 的帮助文件 如果包中 src/ 目录下有代码那么现在将有一个 libs/ 目录其中包含了编译过的 32 位i386/和 64 位x64/代码。 inst/ 目录下的内容被移到了顶层目录 2.4.4 已安装的包
已安装的包只是解压到一个包库的二进制包。在理想的情况下安装一个包包括一系列简单的步骤源码包→压缩包压缩包→二进制包二进制包→已安装的包。 支持所有包安装的工具是 R 的命令行工具 R CMD INSTALL它可以安装源码包、压缩包和二进制包。
devtools 的函数封装了这个工具devtools::install() 有效地封装了 R CMD INSTALL。devtools::build() 封装了 R CMD BUILD可以把源码包打包成压缩包。devtools::install_github() 从 GitHub 下载源码包运行 build() 来生成使用指南然后使用 R CMD INSTALL 安装包。install.packages() 用于下载和安装 CRAN 编译的二进制包。他的工作方式是它载源码包编译然后安装。
2.4.5 内存中的包
library() 和 require() 会加载和附加一个已安装的包。在写脚本的时候加载和附加包之间的区别并不重要但是在写包的时候这个区别是非常重要的。 2.5 什么是库
库是一个包含已安装包的目录。 你的电脑中可以有多个库。事实上几乎每个人都至少有两个库一个用来放已经安装的包另一个用来放 R 安装时自带的包如 base、stats 等。通常情况下用户安装包的目录在不同的 R 版本下有所不同。这就是为什么你重新安装 R 以后以前安装的包好像都丢了实际上它们仍然在你的硬盘上只是 R 找不到它们而已。 使用 .libPaths() 来查看当前正在使用的库是哪个
.libPaths() 参考文献
中文书籍 (ituring.com.cn)
R Packages (2e) (r-pkgs.org)
英文书籍Writing R Extensions (r-project.org) (官方 R 扩展开发手册)
