唐山高端网站建设公司,佛山网站建设专业品牌,上海网站建设千元漂亮,用手机怎么申请免费自助网站MetaPhlAn 4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具#xff0c;它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。以下是安装和使用MetaPhlAn 4的步骤#xff1a;
安装MetaPhlAn 4#xff1a;
裸机环境#xff0c;手动安装
1. 安装依赖项#xff1a;
MetaPhlAn 4需要…MetaPhlAn 4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。以下是安装和使用MetaPhlAn 4的步骤
安装MetaPhlAn 4
裸机环境手动安装
1. 安装依赖项
MetaPhlAn 4需要Python 3.7以上的版本建议使用Anaconda环境同时还需要安装Biopython、pandas和numpy等包。可以使用pip命令进行安装例如
pip install biopython pandas numpy2. 下载MetaPhlAn 4程序
从MetaPhlAn 4的官方网站https://github.com/biobakery/MetaPhlAn下载最新的MetaPhlAn 4程序并解压缩到指定目录中。
数据库地址建议手动下载地址及文件见下方
要配置MetaPhlAn4最新数据库您可以按照以下步骤进行操作
1. 下载最新的MetaPhlAn4数据库文件可以在MetaPhlAn4官方网站上下载。
2. 解压缩下载的MetaPhlAn4数据库文件得到一个包含多个文件的目录。
3. 打开MetaPhlAn4配置文件通常为metaphlan_database.cfg可以在MetaPhlAn4的安装目录中找到。
4. 在配置文件中找到bowtie2db和mpa_pkl这两个参数并将它们的值分别改为MetaPhlAn4数据库目录下的bowtie2和mpa文件的路径。
5. 保存配置文件。 使用conda环境安装推荐
本示例使用anaconda3
以下是在anaconda3中安装MetaPhlAn4的步骤
步骤1安装conda
如果您尚未安装conda请使用以下命令在终端中安装
到这里去找安装包吧什么版本都有这里下载linux64最新版
https://repo.anaconda.com/archive
###下载安装包
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
###安装
sh Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh###先进去后会要让同意许可协议注意太快可能错过跳出到后面慢一点向下翻
#到最后询问是否同意时输入yes
##遇到按键太快跳过的话重新执行安装命令再次进入#在配置安装目录时要注意输入自己想要安装的目录步骤2创建conda环境
打开终端并输入以下命令创建一个名为“metaphlan4”的conda环境
#创建metaphlan4的conda环境
conda create -n metaphlan4 python3.7
步骤3激活conda环境
输入以下命令激活“metaphlan4”环境
#激活指定环境
conda activate metaphlan4
步骤4安装MetaPhlAn4
使用以下命令安装MetaPhlAn4
#在激活环境中安装metaphlan
conda install -c bioconda -c conda-forge metaphlan#需要一点时间等待完成
步骤5测试MetaPhlAn4
输入以下命令测试安装是否成功
metaphlan --version如果可以正确显示版本信息则安装成功。
步骤6配置MetaPhlAn数据库
默认情况下可以使用metaphlan --install命令可以安装数据库但有时候下载速度慢可能引起失败建议手动下载最新数据库
地址在这里http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/
下载这几个文件
http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/bowtie2_indexes/mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212_bt2.md5
http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/bowtie2_indexes/mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212_bt2.tar http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212.md5
http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212.tar
http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212_marker_info.txt.bz2
http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/mpa_vOct22_CHOCOPhlAnSGB_202212_species.txt.bz2
http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/mpa_latest
下载完成后将所有下载文件放入下面目录根据自己安装目录找ananconda3的位置后面路径都一样 anaconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_databases
后面第一次去运行metaphlan去注释你的序列的时候会自动建库 使用MetaPhlAn 4
1. 准备输入文件MetaPhlAn 4需要输入FASTQ或FASTA格式的文件。如果是PE读取需要将两个序列文件合并为一个文件。
2. 运行MetaPhlAn 4在终端中进入MetaPhlAn 4的安装目录并运行以下命令
python3 metaphlan --input_file example.fastq --output_file output.txt
其中--input_file参数指定输入文件的路径和名称--output_file参数指定输出文件的路径和名称。
3. 查看结果MetaPhlAn 4的输出文件包含了每个微生物的相对丰度和物种注释信息。可以使用文本编辑器或者Excel等软件打开输出文件进行查看和分析。
conda环境下使用MetaPhlAn4
##激活conda环境
source activate metaphlan4#直接使用压缩包文件运行建议使用nohup运行因为运行时间比较长
#nohup
nohup metaphlan f1.fastq.gz,r2.fastq.gz --bowtie2out f1r2.bowtie2.bz2 --nproc 60 --input_type fastq f1r2_mtphlan.txt 21
#直接运行
metaphlan f1.fastq.gz,r2.fastq.gz --bowtie2out f1r2.bowtie2.bz2 --nproc 60 --input_type fastq -o f1r2_mtphlan.txt####其中 f1.fastq.gz和r2.fastq.gz分别为样品的双端序列的两个压缩文件最终我们想要的是f1r2_mtphlan.txt
结果解释
###前面几行已被注释使用MetaPhlAn工具合并时会自动过滤掉
#anaconda3/envs/metaphlan4/bin/metaphlan 1.fastq,2.fastq --bowtie2out 1.bt2.bz2 --nproc 30 --input_type fastq -o 1.profiled.txt
#76553269 reads processed
#SampleID Metaphlan_Analysis
#clade_name NCBI_tax_id relative_abundance additional_species
k__Bacteria 2 99.92666
k__Archaea 2157 0.07334
k__Bacteria|p__Proteobacteria 2|1224 89.13284
k__Bacteria|p__Actinobacteria 2|201174 8.93442
k__Bacteria|p__Bacteroidetes 2|976 1.83546
私房菜
###使用merge_metaphlan_tables.py将所有样品的注释结果合并需要激活metaphlan4的conda环境
merge_metaphlan_tables.py *.txt merged_abundance_table.txt###使用下面语句从合并表中提取物种种水平下的物种注释信息
grep -E (s__)|(clade_name) merged_abundance_table.txt |grep -v t__|sed s/^.*s__//g|awk {$2null;print}|sed s/\ \ /\ /g|sed s/\ /\t/g merged_abundance_species.txt
###使用下面语句从合并表中提取物种属水平下的物种注释信息
grep -E (g__)|(clade_name) merged_abundance_table.txt |grep -v s__|sed s/^.*g__//g|awk {$2null;print}|sed s/\ \ /\ /g|sed s/\ /\t/g merged_abundance_genus.txt
###使用下面语句从合并表中提取物种科水平下的物种注释信息
grep -E (f__)|(clade_name) merged_abundance_table.txt |grep -v g__|sed s/^.*f__//g|awk {$2null;print}|sed s/\ \ /\ /g|sed s/\ /\t/g merged_abundance_family.txt
###使用下面语句从合并表中提取物种目水平下的物种注释信息
grep -E (o__)|(clade_name) merged_abundance_table.txt |grep -v f__|sed s/^.*o__//g|awk {$2null;print}|sed s/\ \ /\ /g|sed s/\ /\t/g merged_abundance_order.txt
###使用下面语句从合并表中提取物种纲水平下的物种注释信息
grep -E (c__)|(clade_name) merged_abundance_table.txt |grep -v o__|sed s/^.*c__//g|awk {$2null;print}|sed s/\ \ /\ /g|sed s/\ /\t/g merged_abundance_class.txt
###使用下面语句从合并表中提取物种门水平下的物种注释信息
grep -E (p__)|(clade_name) merged_abundance_table.txt |grep -v c__|sed s/^.*p__//g|awk {$2null;print}|sed s/\ \ /\ /g|sed s/\ /\t/g merged_abundance_phylum.txt 注意事项
1. MetaPhlAn 4需要消耗大量的计算资源建议在具有足够内存和计算能力的计算机上运行。
2. MetaPhlAn 4的结果可能会受到样本质量、参考基因组库的完整性和准确性等多种因素的影响。可以根据需要选择合适的参考基因组库进行分析以获得更准确的结果。
Metaphlan分析结果的使用建议
1. 了解Metaphlan输出格式Metaphlan输出文件包括两个文件即filename.txt和filename.txt.bak。其中filename.txt文件是包含分类结果和相对丰度值的文本文件filename.txt.bak文件是二进制文件存储的序列信息。
2. 解释Metaphlan输出结果Metaphlan输出文件提供了各个分类单元的相对丰度值这些单元包括细菌、古菌、真菌和叶绿体等。通过观察这些相对丰度值可以了解样本中各个分类单元的富集度和活跃度。
3. 与其他工具结合使用Metaphlan结果可以与其他宏基因组分析工具结合使用如PICRUSt、STAMP和LEfSe等这些工具可以进一步分析样本中的生物学差异。
4. 结果可视化Metaphlan的结果可以用不同的可视化工具展示如Circos、R、STAMP和Phinch等。这些工具可以帮助用户更直观地理解样品之间的差异以及分类单元的富集度。
总之Metaphlan是一个强大的宏基因组分析工具可以帮助用户快速了解样品中的微生物组成。将其结果与其他工具结合使用可以更深入地挖掘样品差异为后续的实验设计提供重要参考。
