企业网站建设需要的手续,湖北建网站公司,做一个平台网站大概多少钱,10个产品设计成功案例GO和KEGG富集分析是我们在筛选出差异表达基因之后#xff0c;都会去做的套路性分析。然鹅……我相信#xff0c;总有那么一些“倒霉孩子”会遇到跟我一样的窘境吧#xff0c;好不容易筛选出来的差异基因#xff0c;尝试了DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)、Metascape(htt… GO和KEGG富集分析是我们在筛选出差异表达基因之后都会去做的套路性分析。然鹅……我相信总有那么一些“倒霉孩子”会遇到跟我一样的窘境吧好不容易筛选出来的差异基因尝试了DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)、Metascape(https://metascape.org/)、gProfiler(https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/)等之后仍然富集不出来通路这真是个令人悲伤的故事嘞~就在我万念俱灰的时候我神奇的发现了一个网站居然富集到了好几条通路哦心情顿时开朗许多~~现在就把这个最强大的基因富集分析在线工具分享给大家啦~揭开它神秘面纱的时候到了它就是——KOBASKOBAS(KEGG Orthology Based Annotation System)网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集。随着数据量不断增加KOBAS至今为止共经历了3次升级除了1.0版本的KEGG代谢通路之外2.0版本增加了PID CuratedPID BioCartaPID ReactomeBioCycReactome和Panther等数据库除此之外还增加了疾病的查询使得KOBAS的功能更加强大。而3.0版本更是增加了lncRNA的鉴定、注释以及富集功能还建立GSEAGSA和 PADOG等功能。KOBAS的功能最主要分为两个部分Annotate(注释)和Enrichment(富集)。接下来我们就以“Annotate”为例来体验看看如何利用KOBAS做GO和KEGG的富集分析吧点击“Annotate”选项进入注释界面。“Species”为物种可根据自己测序组织来源进行选择如人大鼠小鼠等。“Input Type”为输入格式/类型支持如图Fasta Protein SequenceGene Symbol等七种格式可根据自己的输入数据进行选择。输入数据后点击“Run”进行提交等待数秒即可出结果。得到注释结果如下图所示点击“Detail”可查看基因注释的Pathway通路、疾病及GO功能分类。注释结果下方还提供链接进行结果下载哦。点击第二列“KEGG Gene ID”可以直接链接到KEGG数据库查看具体信息。点击第三列“Disease”中“Detail”注释结果如下所示可具体了解与差异表达基因相关的疾病信息哦~“Gene-list Enrichment”部分“Input Type” “Species”及“Input”与注释时基本一致。“Datebase”中可选择自己感兴趣的数据库进行分析。“Advance Options”中可自行选择参数包括背景基因、统计学方法及校正方法等。与“Annotate”一样设置好所有参数后点击“Run”等待数秒即可得到分析结果哦且结果都可进行下载方便又快捷。此外KOBAS除在线使用外还可将下载到本地具体可点击官网菜单栏“Download”进行详细了解哦在此不做详细介绍啦。总之KOBAS不仅仅可以得到GO和KEGG富集分析结果还可以了解与之相关的疾病信息。学习了这么多赶紧把你手中筛选到的差异基因操作分析起来吧说不定马上就会得到意想不到的结果哦~~注此推文未经许可禁止转载阅读推荐工具篇|MNDR递“瓜”小能手扒一扒ncRNA与疾病之间的那些事工具篇 | TransCirc一个预测分析circRNA翻译的数据库工具篇|一站搞定多种形式的韦恩分析可视化需要哪个选哪个工具篇|最新出炉的国产m6A修饰精准预测数据库m6A-Atlas工具篇|神器一出作图无忧一个完爆R语言的作图网站
