南山做网站哪家好,安装wordpress500,张家界互联网公司有哪几家,百度推广基木鱼R绘图往期回顾#xff1a;R绘图#xff1a;唱一半的歌#xff0c;画一半的图 gghalvesR绘图#xff1a;gggibbous#xff0c;基于ggplot2的Moon chartsR绘图#xff1a;ggeconodist#xff0c;基于ggplot2的另类箱图R语言学习系列之“多变的热图”蚂蚁金服在线可视化引擎…R绘图往期回顾R绘图唱一半的歌画一半的图 gghalvesR绘图gggibbous基于ggplot2的Moon chartsR绘图ggeconodist基于ggplot2的另类箱图R语言学习系列之“多变的热图”蚂蚁金服在线可视化引擎 G2R绘图无与伦比的华丽风行桑基图R绘图相关性分析与作图单基因相关性R绘图相关性分析与作图R绘图ggsci: 高大上的论文配色一文解决配色问题R绘图 ggpubr: 为学术而生TCGA数据分析系列之火山图R绘图 雷达图-单基因泛癌差异表达的另类展现形式现实中有很多数据都是配对的最常见的就是癌和癌旁ggpubr包的ggpaired函数可以实现配对样本的统计和作图加载数据rm(list ls())
library(tidyverse)
library(ggpubr)
pairdata-read.table(pair.txt,header T,sep t)ggpaired用法ggpaired(data, cond1, cond2, x NULL, y NULL, id NULL,color black, fill white, palette NULL, width 0.5,point.size 1.2, line.size 0.5, line.color black,title NULL, xlab Condition, ylab Value,facet.by NULL, panel.labs NULL, short.panel.labs TRUE,label NULL, font.label list(size 11, color black),label.select NULL, repel FALSE, label.rectangle FALSE,ggtheme theme_pubr(), ...)ggpaired函数有两种不同的方式做图第一种是这样的ggpaired(pairdata, cond1 condition1, cond2 condition2,fill condition, palette jco)加上P值ggpaired(pairdata, cond1 condition1, cond2 condition2,fill condition, palette jco)stat_compare_means(method t.test,paired TRUE,label.y 100)那么如果是三组数据做配对分析呢这个时候可以把数据转换成长数据我们用tidyverse包中的gather函数来实现drawdata- pairdata %% gather(condition, value, -ID)此时数据就变成了长数据用第二种方式作图ggpaired(drawdata, x condition, y value,idID,color condition, palette jco, line.color gray, line.size 0.4,short.panel.labs FALSE)stat_compare_means(method anova, label.y 100)用样本两两之间的配对T检验my_comparisons - list( c(condition1, condition2), c(condition1, condition3), c(condition2, condition3) )
ggpaired(drawdata, x condition, y value,idID,color condition, palette jco, line.color gray, line.size 0.4,short.panel.labs FALSE)stat_compare_means(aes(label ..p.signif..),method t.test,paired TRUE, comparisons my_comparisons)单基因泛癌分析链接TCGA单基因免疫相关泛癌分析应要求对出图添加更细致的描述mp.weixin.qq.comTCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本mp.weixin.qq.com公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程生物信息学教学m.study.163.com零基础-手把手教你重复一篇6.2分的生信文章完整版mp.weixin.qq.com
