宁波哪家做网站好,做红包网站,wordpress 维护模式,电脑打不开建设银行网站文章目录 一、Fiji —— 用于科学图像处理和分析1.1、工具安装#xff08;免费#xff09;1.2、源码下载#xff08;免费#xff09; 二、功能详解2.0、Fiji - ImageJ#xff08;Web应用程序#xff09;2.1、常用功能#xff08;汇总#xff09;2.2、Fiji - Plugins免费1.2、源码下载免费 二、功能详解2.0、Fiji - ImageJWeb应用程序2.1、常用功能汇总2.2、Fiji - Plugins插件1labkit显微镜图像分割2Cellpose一种通用的、基于深度学习的细胞分割方法。 一、Fiji —— 用于科学图像处理和分析 Fiji 与 ImageJ 的比较就如同 Ubuntu 与 Linux 的比较一样。 ImageJ用于处理和分析科学图像的开源软件。 由美国国立卫生研究院NIH开发ImageJ是最初的桌面应用程序自 1997 年开始开发。ImageJ2是针对科学多维图像数据的 ImageJ 新版本。 FijiFiji is just imageJ用于科学图像分析的 ImageJ 的 内置功能 发行版。 它在 ImageJ 的基础上预装了大量常用插件和脚本简化了安装和配置过程特别适合生物图像分析。Fiji 还集成了更新管理功能方便用户获取最新插件和工具。 核心基础 两者都基于 ImageJ 的核心代码因此具有相同的图像处理和分析功能。 两者使用相同的编程语言Java和脚本语言如宏和 JavaScript。 开源与免费 两者都是开源软件用户可以免费下载和使用。 源代码公开允许用户根据需要修改和扩展功能。 跨平台支持 两者都支持跨平台运行可在 Windows、macOS 和 Linux 系统上使用。 插件扩展 两者都支持通过插件扩展功能用户可以根据需要添加特定工具或算法。 共享大量相同的插件生态系统拥有数千个插件。 图像处理与分析功能 提供丰富的图像处理功能如滤波、分割、增强、形态学操作等。 提供测量工具用于定量分析如长度、面积、强度等。 科学应用 广泛应用于科学研究领域如生物学、医学、材料科学等。 支持处理显微镜图像、医学影像、时间序列图像等。 支持多种图像格式如 TIFF、JPEG、PNG、DICOM 等。
1.1、工具安装免费 【Fiji】https://fiji.sc/Fiji 拥有数千个插件https://imagej.net/list-of-extensions 1.2、源码下载免费 【imageJ or imageJ2】https://github.com/imagej 【Fiji】https://github.com/fiji 项目搭建通过 IntelliJ IDEA 加载项目源码并完成配置环境最后执行项目。 Java 环境配置 IntelliJ IDEA 使用指南 使用建议通过源码启动工具可以分析其每个步骤函数或算法的执行逻辑像素级。 用于加速学习和理解而且可以快速复现功能。 实测结果Fiji 开源版本对 SDK 版本有特定要求最终测定并安装成功。 JDK版本号Oracle OpenJDK version 1.8.0_77官网下载安装 已测试版本失败Oracle OpenJDK version 1.8.0_441官网下载安装已测试版本失败Amazon Corretto version 1.8.0_442使用IntelliJ IDEA在配置中自动下载已测试版本失败Amazon Corretto version 18.0.2使用IntelliJ IDEA在配置中自动下载已测试版本失败Oracle OpenJDK version 20.0.1官网下载安装已测试版本失败Oracle OpenJDK version 23.0.2使用IntelliJ IDEA在配置中自动下载 maben版本该工具版本没要求apache-maven-3.9.2 错误提示如下
Exception in thread main java.lang.NoClassDefFoundError: io/scif/SCIFIOServiceat net.imagej.ImageJ.init(ImageJ.java:75)at sc.fiji.Main.main(Main.java:50)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: io.scif.SCIFIOServiceat java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:381)at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:331)at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)... 2 more官方我们致力于开源。开源不仅允许其他开发人员将应用程序移植到原作者未曾想到的新平台上还允许科学家研究代码以了解所用算法的内部工作原理并允许其他人以全新的方式使用该程序并以所有可以想象的方式对其进行改进。 二、功能详解
2.0、Fiji - ImageJWeb应用程序 Fiji - ImageJWeb应用程序https://ij.imjoy.io 2.1、常用功能汇总
以下是个人使用使用过程中常用的功能由于Fiji集成功能非常庞大仅供参考。 功能 操作步骤 快捷键
加载超大内存图像 Fiji - File Import TIFF Virtual Stack保存图像 Fiji - File Save as TIFF/Image Sequence保存Screenshot Ctrl Shift G查看三视图 Ctrl Shift H绘制直方图 Ctrl H截取图像 Fiji - 绘制矩形框 鼠标右键 Duplicate Range(3D)Image数据类型转换 Fiji - Image Type对比度调整 Fiji - Image Adjust Brightness/Contrast Ctrl Shift C灰度阈值分割 Fiji - Image Adjust Threshold Ctrl Shift T最大强度投影 Fiji - Image Stacks Z Project Max Intensity切换观察视角 Fiji - Image Stacks Reslice Start atProcess轮廓提取 Fiji - Process Find Edges去除背景 Fiji - Process Subtract Background直方图均衡化 Fiji - Process Enhance Contrast添加噪声 Fiji - Process Noise 随机噪声/高斯噪声/椒盐噪声gamma值调整 Fiji - Process Math GammaFFT Fiji - Process FFT FFT or Inverse FFT高斯滤波 Fiji - Process Filters Gaussian Blur - sigmaRadiusAnalyze绘制信号分布图 Fiji - 绘制矩形框 Analyze Plot Profile Ctrl K同步窗口 Fiji - Analyze Tools Synchronize Windows同步ROI Fiji - 绘制矩形框 T2.2、Fiji - Plugins插件
1labkit显微镜图像分割
Fiji - labkit官网介绍 视频教程用于显微镜 2D 或 3D 图像的手动和自动分割 细胞分割效果较好脑图像分割效果较差需要精调 2Cellpose一种通用的、基于深度学习的细胞分割方法。
基于预训练模型cellpose提供基于细胞质、细胞核等七个不同数据集训练得到的模型然后在自己的数据集上预测并手动标记ROI进行模型微调。 只适用于细胞分割细胞质、细胞核不适用于神经元分割如下图
