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R语言实操记录——R包无法安装#xff0c;报错#xff1a;Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found 文章目录 R语言一、起因二、具体步骤2.1、确认问题源2.2、安装RTools2.3、与R(/Rstudio)绑定2.4、验证可行性 三、疑惑 一、起因
R语言在包的安装上是真的方便报错Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found 文章目录 R语言一、起因二、具体步骤2.1、确认问题源2.2、安装RTools2.3、与R(/Rstudio)绑定2.4、验证可行性 三、疑惑 一、起因
R语言在包的安装上是真的方便一句install.packages()就可以实现绝大多数包的安装。可惜越简单的东西报起错来也越是要命。
我在加载Seurat包时报错提醒我缺少依赖包rgeos。 行呗那就install.packages()呗。 开始报错 package ‘rgeos’ is not available for this version of R”。 一般原因有两个 该版本的R数据库中不含该包淘汰或改名了该软件包可用但不适用于当前版本的R或操作系统类型Unix/Windows 解决办法 用Bio conductor或者Github的安装方法安装具体操作install.packages(pkgs, repos “换个镜像源”)直接去官网下载压缩包进行本地安装 再加载一遍Seurat包开始报错Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in library.dynam(lib, package, package.lib): 没有这个DLL ‘rgeos’是不是没有为此架构安装好家伙还是没安上。我怀疑了一下是不是包的版本和软件版本有冲突或者rgeos和Seurat两个包的版本起冲突了更改了几次还是报错。于是我就去看了下安装包时输出的log。报错Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found具体错误
** installing *source* package rgeos ...
** 成功将rgeos程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** libsWarning in system(cmd) : make not found
ERROR: compilation failed for package rgeos
* removing .../R/4.2/library/rgeos
Warning in install.packages :
installation of package ‘rgeos’ had non-zero exit status这个make命令是RTools中的我更新了RTools配置了make命令的环境变量就可以本地安装rgeos包了。 Rtools一个用于Windows操作系统的软件包它为R编程语言提供了一套工具和依赖项以便在Windows上进行编译和构建R软件包。 Rtools的安装和配置使得开发人员能够在Windows环境中更轻松地编译和构建R包同时也方便了使用C/C或Fortran等其他编程语言编写的扩展包的安装和使用。下面是具体步骤
二、具体步骤
2.1、确认问题源 Sys.which(make)
make 确认找不到make命令make命令在RTools中
2.2、安装RTools
安装与当前R版本匹配的RTools版本有两种方法如果先前安装过RTools先卸载RTools
方法一在线安装
install.packages(installr)
install.packages(stringr)###依赖包
library(stringr)
library(installr)
## 需要用installr安装RTools
install.Rtools()方法二本地安装 去官网找与当前R版本匹配的安装包除开需要将RTools安装在RRstudio一个目录中外其他一直点击下一步就行了。
2.3、与R(/Rstudio)绑定
假如忘记安装在同一目录下或者R/Rstudio还是找不到make命令在哪的话我们就需要将二者进行绑定告诉它RTools的路径在哪。有两种方法。
方法一创建一个Renviron文件指明Rtools主页的路径 在Rstudio中运行这里以RTools 4.3为例
writeLines(PATH${RTOOLS43_HOME}\\usr\\bin;${PATH}, con ~/.Renviron)完成之后重启一下Rstudio
方法二配置环境变量 直接配置环境变量开机就读取这个目录。这里以Windows10为例在Windows设置中点击系统 选择关于—高级系统设置 选择环境变量 在编辑Path在Path中添加RTools的路径 如果先前有下载过RTools需要检查并清除掉个人变量和系统变量中旧版本的RTools的目录路径。
2.4、验证可行性 Sys.which(make)make
c:\\rtools43\\usr\\bin\\make.exe install.packages(C:/Users/16748/Downloads/rgeos_0.6-4.tar.gz, repos NULL, type source)可以成功本地安装了。
三、疑惑
虽然解决了问题可是我还是存在疑惑。在知道是RTools那边出问题后我先是在应用程序中找到了RTools确定我安装了与Rstudio当前版本匹配的RTools版本并且前不久才刚刚用过本地安装理论上不应该会出错。想不通就干脆卸了重装好了在卸载RTools时发现应用程序中有它但是卸载时提示找不到该程序进入文件目录也确实找不到该包重启电脑重新加载还是一样的问题。emmm好吧就当它不存在吧我换个版本吧。为了和新版本的RTools匹配我又升级了RstudioR到最新版。RTools需要和R包的库放在一个目录下方便加载但是在安装新版时提示当前目录下已安装过RTools请换个目录。emmm所以旧版的RTools真的存在啊我翻来倒去都没找到。无奈换个目录吧在环境变量里把这个目录加进去也能成功加载。虽然最后还是解决了问题但这种看不见的还解决不了的东西真叫人心累。
