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在相应的文章中看到对于对于描述GPCR中的序列位置往往在除了在当前蛋白的氨基酸序列序号意外会在右上角标注一个类似于6 x 49的编号。经查这个编号有一个统一名称Generic residue numbering。本文即介绍以下这个Generic residue numbering到底是如何规定的。 定义
以6 x 49这个编号为例子作为讲解
第一个数字在GPCR蛋白家族中存在7个跨膜区域TM数字6即代表该氨基酸在TM6之上。 第二个数子GPCR一共分为A~F 6个家族将每个家族中最保守的那个氨基酸的位置定为50. 49即代表是最保守的那个氨基酸的前一个氨基酸。下图加粗氨基酸为不同蛋白家族中最保守氨基酸
特殊情况
在部分文章中是可以看到有些氨基酸上标了两个Generic residue numbering这往往是由于helix的突起和收缩造成了与标准序列之间的偏差(如下图所示) 同时标注两个Generic residue numbering即认为地弥补这个空缺。
参考连接
原文https://doi.org/10.1016/j.tips.2014.11.001 GPCRdbhttps://docs.gpcrdb.org/generic_numbering.html 袁曙光老师博客https://blog.sciencenet.cn/blog-355217-864739.html
