院网站建设情况报告,合肥门户网站制作建设,wordpress style不更新,网站建设与维护流程图在探究功能基因的时候#xff0c;我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组#xff0c;逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件#xff0c;该软件安装方便#xff0c;运行快速#xff0c;调用简单#xff0c;可以说是构建同源群的神器。从OrthoF…在探究功能基因的时候我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件该软件安装方便运行快速调用简单可以说是构建同源群的神器。从OrthoFinder2.4.0版本开始同源群的划分给予有根树的层次这种划分方法比依靠相似度要更加准确。此外如果在推断的过程中添加了外群物种分群的精度有望进一步提升[1]。
OrthoFinder 工作流程
调用 DIAMOND 对输入序列进行 all-vs-all 序列比对。diamond搜索速度快非常适用于大量基因的相似度比对。使用 MCLMarkov Cluster Algorithm 算法根据比对结果进行聚类得到直系同源组orthogroup。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences 文件夹中单拷贝 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Single_Copy_Orthologue_Sequences 文件夹中orthogroup 的统计信息存放在 Comparative_Genomics_Statistics、Orthogroups 文件夹中。使用 FastMe 对每个 orthogroup构建无根基因树gene tree。使用 STAGSpecies Tree Inference from All Genes 根据刚刚划分好的包含所有物种的orthogroups中的同源基因推断无根物种树species tree此处会综合考虑每一棵OG内基因构建的基因树汇总成为最终的物种树。通过参数 -M dendroblast 或 -M msaOrthoFinder 可以调用 STAG 中两种构建物种树的方法DendroBLAST 和 CMSAConcatenated Multiple Sequence Alignment联合多序列比对。使用 STRIDESpecies Tree Root Inference from Gene Duplication Events 通过基因复制事件的不可逆性为无根物种树、无根基因树赋根得到有根物种树、有根基因树、基因间的直系同源关系、基因复制事件。结果存放在文件夹 Species_Tree、Gene_Tree、Orthologues、Gene_Duplication_Events、Comparative_Genomics_Statistics 中。
1.创建环境并安装orthofinder
conda create -n ogsfinder python3.9.15 #太高版本的python例如3.11在后面会报错。
conda activate ogsfinder
conda install -c bioconda orthofinder diamond2.1.8 #错误的diamond版本会报错。2.运行orthofinder寻找直系同源基因
将待寻找OGs的多个蛋白质组文件存放于ExampleData文件夹运行orthofinder命令。指定运行占用20个cpu默认使用16个cpu。此处添加参数-M msa会进行bootstrap检验最终看到的物种数是具有bootstrap值的。
orthofinder -f ExampleData -S diamond -t 20 -M msa#-t 并行序列搜索线程数默认 16
#-a 并行分析线程数默认值 1
#-M 基因树推断方法。可选dendroblast和msa默认 dendroblast推荐msa可执行带有bootstrape的建树
#-S 序列搜索程序默认 blast选项blastmmseqs,blast_gzdiamond推荐使用diamond比对速度很给力
#-A 多序列联配方式需要添加参数-M msa时才有效默认 mafft可选择musclemafft
#-T 建树方法需要添加参数-M msa时才有效默认 fasttree可选iqtreeraxml-ngfasttreeraxml推荐但是如需在构建物种树里加入bootstrape值则需要进入程序的config.json文件修改对应建树软件的e值或者新增-b 1000/-bb 1000。 运行结束后会在ExampleData目录下生成新的目录OrthoFinder。 参考信息
Github OrthoFinder https://github.com/davidemms/OrthoFinder#getting-started-with-orthofinderorthofinder安装及使用教程 https://www.jianshu.com/p/3bcd965605f5
