石家庄专业做网站公司,实惠的网站建设公司,桃子网站logo,公关公司是干嘛的欢迎浏览我的CSND博客#xff01; Blockbuater_drug …点击进入 文章目录 前言一、Docking in 3 steps 标准对接rDock 的基本对接步骤及注意事项 二、 三步对接案例Step 1. 结构文件准备Step 2. 产生对接位点Step 3. 运行分子对接3.1 检查输入文件3.2 测试-只进行打分3.3 运行… 欢迎浏览我的CSND博客 Blockbuater_drug …点击进入 文章目录 前言一、Docking in 3 steps 标准对接rDock 的基本对接步骤及注意事项 二、 三步对接案例Step 1. 结构文件准备Step 2. 产生对接位点Step 3. 运行分子对接3.1 检查输入文件3.2 测试-只进行打分3.3 运行rdock 三、 结果查看总结参考资料 前言
rDock是一个快速、多功能的开源对接程序可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接Docking with explicit waters以及药效团限制性对接Docking with pharmacophore restraints也可以用来做高通量虚拟筛选HTVS。 本文介绍 rDock用于受体-配体的标准对接Docking in 3 steps为研究其他模式下的分子对接做准备。 一、Docking in 3 steps 标准对接
rDock官网 rDock的介绍、Linux系统上本地安装请参考系列博文开源分子对接程序rDock的安装及使用流程
rDock 的基本对接步骤及注意事项
包括3步定义对接体系、产生对接位点和分子对接。 NOTES:
为受体蛋白质或核酸准备MOL2文件需要考虑到原子类型问题建议准备一个全原子MOL2文件rDock会自动删除非极性氢。确保在$RBT ROOT/data/sf/RbtionicToms.rm中定义了任何非标准原子名称和子结构名称以便正确分配分布式形式电荷。确保Tripos原子类型设置正确。rDock使用Tripos类型来推导其他关键的原子性质如原子序数和杂化态。rDock MOL2解析器是为读取CCDC/Astex protein.MOL2文件而开发的因此此验证集是事实上的标准参考。如果您怀疑某个特定的MOL2文件是否适合rDock则应将其与CCDC/Astex MOL2文件的格式进行比较。关于Mol2格式可以参考化学分子Mol2文件格式与使用注意事项。准备定义系统的.prm。必须定义得受体参数包括SECTION MAPPER和SECTION CAVITY。如果您希望激活对接位点附近末端OH和NH3基团的采样请确保您定义了RECEPTOR_FLEX参数。使用rbcavity生成对接站点.as文件如果你想使用参考配体腔定义对接位点的方法需要受体结合位点中的配体结构。准备您想要对接的配体SD文件需要注意SD文件解析的原子类型问题。特别是要确保形式电荷和形式键级是一致的这样文件中就不会有价键错误。rDock将报告任何感知到的价态误差但仍然会完成。请注意rDock在对接过程中从不采样键长、键角、环构象或不可旋转键因此用户需要确保初始构象应该是合理的。事先运行一个小的测试计算以检查系统是否定义正确。例如使用一个小的配体SD文件仅使用打分选项-p score.prm和-T 2选项运行rbdock以生成详细输出用于检查。输出将包括受体原子特性、配体原子特性、灵活性参数、评分功能参数和对接协议参数。满足要求后进行较大规模的计算。
二、 三步对接案例
rDock对接案例输入文件来源 人雌激素受体α配体结合结构域与拮抗剂配体4-D的复合物RCSB下载 pdb id 1SJ0 。 receptor文件下载1SJ0加氢加电荷删除水分子选中受体结构保存为1sj0_rec.mol2 ligand文件选中配体文件保存为1sj0_ligand.sd
Step 1. 结构文件准备
mkdir 1sj0_workdir
cd 1sj0_workdir通过prm文件定义对接体系。
prm 文件是 rDock所特有的文件格式有以下作用系统定义文件评分函数定义文件搜索协议定义文件
以下是ASTEX数据集的.prm文件示例
RBT_PARAMETER_FILE_V1.00
TITLE 1sj0_DUDRECEPTOR_FILE 1sj0_rdock.mol2
RECEPTOR_FLEX 3.0SECTION MAPPERSITE_MAPPER RbtLigandSiteMapperREF_MOL 1sj0_ligand.sdRADIUS 6.0SMALL_SPHERE 1.0MIN_VOLUME 100MAX_CAVITIES 1VOL_INCR 0.0GRIDSTEP 0.5
END_SECTIONSECTION CAVITYSCORING_FUNCTION RbtCavityGridSFWEIGHT 1.0
END_SECTION将以上内容保存为cdk2_rdock.prm受体结构mol 2文件为cdk2_rdock.mol2位于结合位点的已知配体结合pose的文件为xtal-lig.sd。 使用的时候我们只需要修改以上内容即可。关于.prm文件的注意事项可以参考如下
文件的第一行必须是RBT PARAMETER FILE V1.00前面不能有空格注释行注释行应在第一列中以#字符开头前面不能有空格对于关键字TITLE, SECTION或END_SECTION · 关键字必须从第一列开始前面不能有空格 ·关键字TITLE 应该在文件中只出现一次用于提供标题字符串通过各种脚本显示如运行rbscreen.pl关键字后面应该跟一个空格字符然后是标题字符串其中可能包含空格。如果标题行出现的次数一次以上使用最后一次的记录。 ·关键字SECTION可以出现多次并且应该始终与结束END_SECTION配对关键字后面应该跟一个空格字符然后是节名它本身可能不包含空格。在.prm文件中所有节名称都必须是唯一的。所有SECTION / END_SECTION节中的参数名/值对属于该节。 ·在TITLE和SECTION关键字之后需要有一个空格字符否则该部分的后续参数将被忽略。参数名/值对参数名称/值对被读取为自由格式的文本并且可以有前缀、后缀并由任意空格分隔。这意味着参数名称和值字符串本身不允许包含任何空格。值字符串被解释为适合该参数的数值、字符串或布尔值。布尔值应输入为TRUE或NULL大写字符串。prm文件不允许TAB出现。
Step 2. 产生对接位点 以上文件准备就绪进入到以上文件的目录用rbcavity命令生成对接空间
rbcavity -was -d -r 1sj0_rdock.prm使用-d参数将生成网格“.grd”文件。该文件可以在pymol中查看
pymol 1sj0_rdock.mol2 1sj0_ligand.sd 1sj0_rdock_cav1.grd在pymol命令行输入以下
isomesh cavity, 1sj0_rdock_cav1, 0.99便于查看调整了透明度。cavity基本覆盖了配体的空间就是在这个区域进行对接。如果不合适可以调整 .prm文件中的参数MIN_VOLUMEGRIDSTEP和MAX_CAVITIES。
Step 3. 运行分子对接
3.1 检查输入文件
将以上生成文件置于1sj0_workdir文件夹中, 文件内容如下
3.2 测试-只进行打分
rbdock -i 1sj0_ligand.sd -o output-score -r 1sj0_rdock.prm -p score.prm -T 2结果为output-score.sd 文件。输出部分如下
3.3 运行rdock
运行配体1sj0_ligand.sd的重对接可以使用以下命令对每个配体运行50次
rbdock -i 1sj0_ligand.sd -o output-rdock -r 1sj0_rdock.prm -p dock.prm -n 50运行片刻结果为output-rdock.sd 文件。最后显示“END OF RUN”输出部分如下
三、 结果查看
在MOE中查看可以通过SCORE排序。
moe 1sj0_rdock.mol2 output-dock.sdrdock的结果 总结
本文介绍了rDock的基本对接方法包括结构文件准备、产生对接位点运行分子对接三个部分为研究其他模式下的分子对接打好基础。
参考资料
https://bbdrug.blog.csdn.net/article/details/136050880https://rdock.github.io/ 欢迎浏览我的CSND博客 Blockbuater_drug …点击进入
