学校网站空间建设情况,如何设置wordpress会员注册页,网站建设 提成,郑州哪有做网站的目前人们对lncRNA认识还处在初级阶段#xff0c;lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”#xff0c;是RNA聚合酶II转录的副产物#xff0c;不具有生物学功能。然而大量研究表明#xff0c;lncRNA在细胞核内、核外#xff0c;通过染色质修饰#xff0c;转录调控#xff…目前人们对lncRNA认识还处在初级阶段lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”是RNA聚合酶II转录的副产物不具有生物学功能。然而大量研究表明lncRNA在细胞核内、核外通过染色质修饰转录调控转录后调控等多种方式调节基因表达在肿瘤发生发展中具有重要作用。一般来说lncRNA功能研究的主线包含3个主要步骤(1)高通量筛选。全转录组测序和lncRNA芯片是目前最常用的技术手段通过这种高通量的筛选方法可以快速获得不同实验组间差异表达的lncRNA和mRNA。(2)候选lncRNA的确定。通过生物信息学分析从大量lncRNA 中筛选有潜在功能意义的lncRNA。(3)目标lncRNA的功能分析与验证。根据上述生物信息分析推断出lncRNA可能的生物学功能并设计相应的实验来验证假设是否成立。编码能力预测以鉴别novel mRNA和lncRNA分别用CPCCNCIPfamScan三个软件来对novel transcript序列做编码能力预测我们选取主流的三个预测软件官网鉴定标准如下CPC_threshold 0大于0的转录本为mRNA小于0的为lncRNACNCI_threshold 0大于0的转录本为mRNA小于0的为lncRNAPfamScan比对上Pfam蛋白数据库的为mRNA没有比对上的为lncRNA注意1)cpc和PfamScan( http://www.dxy.cn/bbs/thread/36426921#36426921 作者之前写过用法)需要先建立蛋白参考数据库cpc可以下载Uniprot/swissprot蛋白序列2)PfamScan输入的是蛋白序列可以由cpc的预测结果得出。预测完成之后选取三个软件的交集转录本作为novel coding和noncoding转录本我们在筛选lncRNA的时候取的是交集这样筛选的结果会更加准确可靠。很多LNCRNA因为命名不统一所以网上查找起来很困难有没有好用的数据库或者方法答 主要是以NCBI为主比较全面便于查询。如果你主要关注人和小鼠的LncRNA的话可以看看GENCODE这个上面很全经常更新而且上面的命名NCBI也可以查询到。其他物种的话你可以看下Ensembl上面他的注释gtf文件里面包含了所有的RNA但是其中lncRNA比GENCODE要少一些。所有已知的LncRNA在NCBI上面都是可以查询的。NCBIGENCODEEnsembl这三个数据库的基因symbol基本一致。所以如果是人和小鼠你选择GENCODE比较好如果是其他物种就选择Ensembl吧这篇文献主要介绍了lncScore用python写的一个脚本,主要是依赖一个机器学习第三方库scikit-learn。它能够通过开放阅读框,外显子和最大编码子序列等11个特征参数对lncRNA进行筛选。为了加快lncScore的运行速度主要采用多线程分析只需花费2分钟的时间就能够对64,756个转录本进行分类。文章里用gencode数据库里的lncRNA数据做了验证此工具与CPAT, CNCI 和 PLEK类似我们的lncRNA流程里的编码潜能预测软件用的是CPC CNCI Pfam貌似CPC也是这个团队开发的。
